Actualizar versión de jQuery

He desarrollado un plugin para este problema específico. El plugin no interfiere con jQuery de WordPress ya que solo se carga en el front-end. Ver: jQuery Manager for WordPress

¿Por qué otra herramienta más de actualización/gestión/desarrollo/depuración de jQuery?

Porque ninguna de las herramientas de desarrollo te permite seleccionar una versión específica de jQuery y/o jQuery Migrate. Proporcionando tanto la versión de producción como la minificada. ¡Mira las características a continuación!

✅ Solo se ejecuta en el front-end, no interfiere con el admin/backend de WordPress ni con el personalizador de WP (por razones de compatibilidad) Ver: https://core.trac.wordpress.org/ticket/45130 y https://core.trac.wordpress.org/ticket/37110

✅ Activar/desactivar jQuery y/o jQuery Migrate

✅ Activar una versión específica de jQuery y/o jQuery Migrate

¡Y mucho más! El código es de código abierto, por lo que puedes estudiarlo, aprender de él y contribuir.

Casi todos usan el handle incorrecto

WordPress en realidad usa el handle jquery-core, no jquery:

https://github.com/WordPress/WordPress/blob/91da29d9afaa664eb84e1261ebb916b18a362aa9/wp-includes/script-loader.php#L226

// jQuery
$scripts->add( 'jquery', false, array( 'jquery-core', 'jquery-migrate' ), '1.12.4' );
$scripts->add( 'jquery-core', '/wp-includes/js/jquery/jquery.js', array(), '1.12.4' );
$scripts->add( 'jquery-migrate', "/wp-includes/js/jquery/jquery-migrate$suffix.js", array(), '1.4.1' );

El handle jquery es solo un alias para cargar jquery-core con jquery-migrate

Más información sobre alias: wp_register_script multiple identifiers?

La forma correcta de hacerlo

En mi ejemplo a continuación uso el CDN oficial de jQuery en https://code.jquery.com. También uso script_loader_tag para poder añadir algunos atributos del CDN.
Puedes usar el siguiente código:

// Front-end no se ejecuta en el admin de WP ni en el personalizador de WP (por razones de compatibilidad)
// Ver: https://core.trac.wordpress.org/ticket/45130 y https://core.trac.wordpress.org/ticket/37110
function wp_jquery_manager_plugin_front_end_scripts() {
    $wp_admin = is_admin();
    $wp_customizer = is_customize_preview();

    // jQuery
    if ( $wp_admin || $wp_customizer ) {
        // echo 'Estamos en el Admin de WP o en el Personalizador de WP';
        return;
    }
    else {
        // Desregistrar jQuery core de WP, ver https://github.com/Remzi1993/wp-jquery-manager/issues/2 y https://github.com/WordPress/WordPress/blob/91da29d9afaa664eb84e1261ebb916b18a362aa9/wp-includes/script-loader.php#L226
        wp_deregister_script( 'jquery' ); // el handle jquery es solo un alias para cargar jquery-core con jquery-migrate
        // Desregistrar jQuery de WP
        wp_deregister_script( 'jquery-core' );
        // Desregistrar jQuery Migrate de WP
        wp_deregister_script( 'jquery-migrate' );

        // Registrar jQuery en el head
        wp_register_script( 'jquery-core', 'https://code.jquery.com/jquery-3.3.1.min.js', array(), null, false );

        /**
         * Registrar jquery usando jquery-core como dependencia, para que otros scripts puedan usar el handle jquery
         * ver https://wordpress.stackexchange.com/questions/283828/wp-register-script-multiple-identifiers
         * Primero registramos el script y luego lo encolamos, ver por qué:
         * https://wordpress.stackexchange.com/questions/82490/when-should-i-use-wp-register-script-with-wp-enqueue-script-vs-just-wp-enque
         * https://stackoverflow.com/questions/39653993/what-is-diffrence-between-wp-enqueue-script-and-wp-register-script
         */
        wp_register_script( 'jquery', false, array( 'jquery-core' ), null, false );
        wp_enqueue_script( 'jquery' );
    }
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'wp_jquery_manager_plugin_front_end_scripts' );


function add_jquery_attributes( $tag, $handle ) {
    if ( 'jquery-core' === $handle ) {
        return str_replace( "type='text/javascript'", "type='text/javascript' integrity='sha256-FgpCb/KJQlLNfOu91ta32o/NMZxltwRo8QtmkMRdAu8=' crossorigin='anonymous'", $tag );
    }
    return $tag;
}
add_filter( 'script_loader_tag', 'add_jquery_attributes', 10, 2 );