¿Cómo evitar que WordPress cargue versiones antiguas de jQuery en wp_head()?
Noté que mi tema Twenty Twelve está incluyendo versiones obsoletas de jQuery y JS, así que quiero reemplazar estos scripts con versiones más nuevas. Sin embargo, los scripts están en el archivo incluido por wp_head() (que creo está en wp-includes), por lo que agregar los scripts a mi header significa que jQuery se cargará dos veces. No veo forma de eliminar los scripts de wp_head() sin modificar wp-includes y cualquier cambio que haga probablemente se perderá si actualizo WordPress.
¿Cómo puedo eliminar permanentemente los scripts de wp_head()?

add_action('wp_enqueue_scripts', 'no_more_jquery');
function no_more_jquery(){
wp_deregister_script('jquery');
}
Eso eliminará el registro de jQuery. ¿Pero por qué no querrías jQuery en absoluto?
Si lo que quieres es usar tu propia versión, deberías hacerlo en esa función, así:
add_action('wp_enqueue_scripts', 'no_more_jquery');
function no_more_jquery(){
wp_deregister_script('jquery');
wp_register_script('jquery', "http" .
($_SERVER['SERVER_PORT'] == 443 ? "s" : "") .
"://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.8.3/jquery.min.js", false, null);
wp_enqueue_script('jquery');
}
Este ejemplo carga jQuery de Google, pero fácilmente podrías cargar una versión que tengas en la carpeta de tu tema. Puedes leer más sobre este proceso aquí: Referencia de funciones/wp enqueue script « WordPress Codex
PD: Eso iría en functions.php. Y no es una buena idea simplemente incluir llamadas a la biblioteca de jQuery en tu cabecera, ya que puede generar conflictos con plugins u otros elementos que esperen que jQuery esté presente.

La forma más sencilla de actualizar jQuery es utilizar el plugin jQuery Updater.
Si solo deseas eliminar la versión de WordPress, entonces agrega:
wp_deregister_script('jquery');
a tu archivo functions.php
.
