¿Cómo modificar las rutas de los js del tema twentytwelve?
<?php wp_head(); ?>
desde mi tema por defecto de WP genera
<script type='text/javascript' src='http://example.com/wp-includes/js/comment-reply.min.js?ver=3.5.1'></script>
<script type='text/javascript' src='http://example.com/wp-includes/js/jquery/jquery.js?ver=1.8.3'></script>
La pregunta es... ¿Qué está generando esas dos líneas y cómo puedo editar ese código?

Esas líneas son insertadas por funciones enganchadas a wp_enqueue_scripts
como en este ejemplo del Codex:
function my_scripts_method() {
wp_enqueue_script('scriptaculous');
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'my_scripts_method');
Los scripts en sí fueron registrados y/o encolados con wp_register_script
o wp_enqueue_script
.
Puedes desregistrar o quitar de la cola un script con wp_deregister_script
o wp_dequeueu_script
En tu caso:
wp_dequeue_script('jquery');
wp-dequeue_script('comment-reply');
Pero esta es una buena manera de romper cosas. No desregistraría ni quitaría de la cola scripts del núcleo a menos que estuviera administrando personalmente un sitio y continuara haciéndolo en el futuro previsible.
Usar Google Libraries debería cargar los scripts desde los servidores de Google de una manera un poco más segura que simplemente cargar tus propias copias locales.

Para desactivar comment-reply
ve a Configuración de Discusión
y desactiva Comentarios enlazados (anidados)
.
jQuery alojado por Google:
function my_scripts() {
wp_dequeue_script('jquery');
wp_enqueue_script(
'jquery', // nombre
'//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.0/jquery.min.js', // alojado por Google, protocolo independiente
array(), // dependencias (vacío)
NULL, // elimina la versión
true // cargar en el footer, 'false' para el header
);
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'my_scripts');
