Crear una página de administración personalizada para custom post type + taxonomías + metas

Así es como se puede hacer:

add_action('admin_menu' , 'add_to_cpt_menu'); 

function add_to_cpt_menu() {
    add_submenu_page('edit.php?post_type=name_of_post_type', 'Administración de Custom Post Type', 'Configuraciones Personalizadas', 'edit_posts', basename(__FILE__), 'cpt_menu_function');
}   

Añadir menús y submenús como:

add_action('admin_menu', 'custom_plugin_menu');
function custom_plugin_menu() {
    $page_title = 'Título del Menú Principal';
    $menu_title = 'Título del Menú Principal';
    $capability = 'manage_options';
    $menu_slug = 'parent_menu_slug';
    $function = 'whatever_for_main_page_function';
    $icon_url = 'dashicons-admin-generic';
    $position = 4;
    add_menu_page($page_title, $menu_title, $capability, $menu_slug, $function, $icon_url, $position);

    $parent_slug = 'parent_menu_slug';
    $page_title = 'Título de la Página del Submenú';
    $menu_title = 'Título de la Página del Submenú';
    $capability = 'manage_options';
    $menu_slug = 'edit-tags.php?taxonomy=your_taxonomy_name&post_type=custom_post_type_name';
    $function = null;
    $position = null;
    add_submenu_page($parent_slug, $page_title, $menu_title, $capability, $menu_slug, $function, $position);
}

finalmente:

add_filter('parent_file', 'menu_highlight');    
function menu_highlight($parent_file) {
    global $plugin_page, $submenu_file, $post_type, $taxonomy;
    if ('custom_post_type_name' == $post_type) {
        if ($taxonomy == 'your_taxonomy_name') {
            $plugin_page = 'edit-tags.php?taxonomy= your_taxonomy_name&post_type= custom_post_type_name'; // el slug del submenú 
            $submenu_file = 'edit-tags.php?taxonomy= your_taxonomy_name&post_type= custom_post_type_name';    // el slug del submenú
        }
    } 
    return $parent_file;
}

Espero haber puesto todo correctamente. Anida cualquier otro if dentro de la verificación de taxonomía y añade lo mismo para otros tipos de contenido.