Elementos del menú de navegación desaparecen (pero no inmediatamente)

Registrar consultas

Como dice la pregunta "no ocurre siempre", es difícil saber qué está pasando realmente. Cuando no puedes ver lo que sucede (consulta en segundo plano) y no sabes cuándo ocurre, lo mejor es registrarlo.

El registrador

Al activarse, el plugin intentará crear un directorio de registro llamado 'nav_log' en la carpeta temporal - mostrará e imprimirá un error si esto no funciona.

Luego intentará escribir en un archivo llamado 'nav_log.txt' dentro del directorio temporal. Deberías obtener una entrada de registro cada vez que se active una consulta para un nav_menu_item. Los registros tendrán como prefijo la fecha (Y-m-d g:i:s). Así que, si mantienes los ojos abiertos e intentas detectar cambios en la interfaz, deberías poder saber cuándo ocurre. También agregué la variable global $hook_suffix para (quizás) ayudar a determinar cuándo sucede esto.

Descargo de responsabilidad: El plugin necesita un poco de cariño y no funcionará inmediatamente. El manejo del sistema de archivos es complicado y el plugin es solo un boceto/una idea.

<?php
! defined( 'ABSPATH' ) AND exit;
/** Plugin Name: (#64487) »kaiser« log nav menu query */
# Version: 2012-09-17.0924

if ( ! class_exists( 'wpse64487_query_logger' ) )
{
    register_activation_hook( __FILE__, array( 'wpse64487_query_logger', 'create_log_dir' ) );
    add_action( 'plugins_loaded', array( 'wpse64487_query_logger', 'init' ), 5 );

class wpse64487_query_logger
{
    public static $instance;
    public $name = 'nav_log';

    public static function init()
    {
        null === self :: $instance AND self :: $instance = new self;
        return self :: $instance;
    }

    public function __construct()
    {
        add_filter( 'posts_where', array( $this, 'ask_where' ) );
    }

    public function create_log_dir()
    {
        $output = true;
        // Relativo al directorio temporal
        if ( ! wp_mkdir_p( $this->get_log_loc() ) )
            $output = new WP_Error( __CLASS__, 'Falló la creación del directorio de registro.' );

        is_wp_error( $output ) AND print $output->get_error_message( __CLASS__ );
    }

    public function get_log_loc( $full = false )
    {
        $output = trailingslashit( get_temp_dir()."{$this->name}" );
        $full AND $output .= "{$this->name}.txt";
        return $output;
    }

    public function ask_where( $where )
    {
        if ( "`post_type` = 'nav_menu_item'" === $where )
        {
            add_filter( 'posts_clauses', array( $this, 'catch_query' ) );
        }
        return $where;
    }

    public function catch_query( $pieces )
    {
        global $wp_filesystem, $hook_suffix;
        $file = $this->get_log_loc( true );
        $contents  = $wp_filesystem->get_contents( $file );
        // Añadir consulta actual
        $contents .= "\n\n@".date( "Y-m-d g:i:s" );
        $contents .= "\n Consulta: ".implode( ' ', $pieces );
        $contents .= "\n Página: {$hook_suffix}";
        $wp_filesystem->put_contents(
             $file
            ,$contents
            ,FS_CHMOD_FILE
        );
        return $pieces;
    }
} // FIN Clase wpse64487_query_logger

} // endif;

¿Has desactivado algún plugin que hayas instalado?

Si ya has intentado eso y sigue ocurriendo, no puedo recomendar una solución simple con esta instalación, pero ¿has probado o considerado hacer una copia de seguridad de tu instalación actual, exportar tu contenido a un archivo xml y reinstalar con una base de datos limpia y sin plugins activados inicialmente, solo con tu tema deseado? La nueva instalación debería tener código estándar (no personalizado) en los archivos principales. Antes de importar tu contenido nuevamente, intenta configurar un menú y ver si el problema persiste. Si es así, puedes descartar una base de datos corrupta y sería seguro decir que el problema está en algún lugar de los archivos de tu tema.

Recuerda anotar los valores actuales de las opciones principales antes de borrarlos con una instalación limpia.