Как изменить класс page-numbers в пагинации на page-link для Bootstrap

Функция paginate_links(), расположенная в wp-includes/general-template.php, не позволяет настраивать определенные части HTML (например, класс page-numbers).

Простая замена строк не сработает из-за способа генерации классов, как показано в этом фрагменте кода из paginate_links():

    $page_links[] = '<a class="prev page-numbers" href="' . esc_url( apply_filters( 'paginate_links', $link ) ) . '">' . $args['prev_text'] . '</a>';
endif;
for ( $n = 1; $n <= $total; $n++ ) :
    if ( $n == $current ) :
        $page_links[] = "<span class='page-numbers current'>" . $args['before_page_number'] . number_format_i18n( $n ) . $args['after_page_number'] . "</span>";

Вот обновленная версия вашей функции custom_pagination(), которая использует DOMXpath для поиска элементов с классом page-numbers, после чего выполняется замена строк для изменения класса на page-link. Для лучшей совместимости с Bootstrap класс current также заменяется на active. В конце добавляется class="mynewclass" к элементу <li>, содержащему текущий элемент.

function wpse247219_custom_pagination() {
    global $wp_query;
    $big = 999999999; // маловероятное число
    $pages = paginate_links( array(
        'base' => str_replace( $big, '%#%', esc_url( get_pagenum_link( $big ) ) ),
        'format' => '?paged=%#%',
        'current' => max( 1, get_query_var('paged') ),
        'total' => $wp_query->max_num_pages,
        'prev_next' => false,
        'type'  => 'array',
        'prev_next'   => true,
        'prev_text'    => __( '«', 'text-domain' ),
        'next_text'    => __( '»', 'text-domain'),
    ) );
    $output = '';

    if ( is_array( $pages ) ) {
        $paged = ( get_query_var('paged') == 0 ) ? 1 : get_query_var( 'paged' );

        $output .=  '<ul class="pagination">';
        foreach ( $pages as $page ) {
            $output .= "<li>$page</li>";
        }
        $output .= '</ul>';

        // Создаем экземпляр DOMDocument 
        $dom = new \DOMDocument();

        // Загружаем $output в $dom, обрабатывая UTF-8, иначе
        // возникнут проблемы с UTF-8 символами.
        $dom->loadHTML( mb_convert_encoding( $output, 'HTML-ENTITIES', 'UTF-8' ) );

        // Создаем экземпляр DOMXpath и находим все элементы с классом 'page-numbers'
        $xpath = new \DOMXpath( $dom );

        // http://stackoverflow.com/a/26126336/3059883
        $page_numbers = $xpath->query( "//*[contains(concat(' ', normalize-space(@class), ' '), ' page-numbers ')]" );

        // Проходим по узлам $page_numbers...
        foreach ( $page_numbers as $page_numbers_item ) {

            // Добавляем class="mynewclass" к <li>, если его дочерний элемент содержит текущий элемент.
            $page_numbers_item_classes = explode( ' ', $page_numbers_item->attributes->item(0)->value );
            if ( in_array( 'current', $page_numbers_item_classes ) ) {          
                $list_item_attr_class = $dom->createAttribute( 'class' );
                $list_item_attr_class->value = 'mynewclass';
                $page_numbers_item->parentNode->appendChild( $list_item_attr_class );
            }

            // Заменяем класс 'current' на 'active'
            $page_numbers_item->attributes->item(0)->value = str_replace( 
                            'current',
                            'active',
                            $page_numbers_item->attributes->item(0)->value );

            // Заменяем класс 'page-numbers' на 'page-link'
            $page_numbers_item->attributes->item(0)->value = str_replace( 
                            'page-numbers',
                            'page-link',
                            $page_numbers_item->attributes->item(0)->value );
        }

        // Сохраняем обновленный HTML и выводим его.
        $output = $dom->saveHTML();
    }

    return $output;
}

Использование:

echo wpse247219_custom_pagination();

Сгенерированный HTML:

<ul class="pagination">
    <li class="mynewclass"><span class="page-link active">1</span></li>
    <li><a class="page-link" href="http://localhost/page/2/">2</a></li>
    <li><a class="page-link" href="http://localhost/page/3/">3</a></li>
    <li><span class="page-link dots">…</span></li>
    <li><a class="page-link" href="http://localhost/page/5/">5</a></li>
    <li><a class="next page-link" href="http://localhost/page/2/">»</a></li>
</ul>