Cómo agregar código justo antes de la etiqueta de cierre body

Si solo estás utilizando un pequeño script u otro marcado, puedes enganchar una función al filtro wp_footer, que debería estar incluido en todos los temas correctamente codificados:

add_action( 'wp_footer', function () { ?>

    <script language="javascript" type="text/javascript">
    startcart()
    </script>

<?php } );

Sin embargo, si tu código JavaScript es más sustancial o deseas utilizar bibliotecas integradas como jQuery, deberías colocar el código en un archivo externo y encolarlo correctamente usando la función wp_enqueue_script():

wp_enqueue_script(
    'myscript', // nombre en minúsculas del script
    get_template_directory_uri() . '/js/script.js', // URL al script
    array( 'jquery' ), // bibliotecas a utilizar
    false, // versión del script (false es la versión de WP)
    true // cargar en el pie de página (true) o en el head (false)?
);

Puedes leer más sobre cómo usar la función wp_enqueue_script() en el Codex

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