Cómo asignar un menú personalizado de WP 3.0 a una ubicación de menú de navegación del tema mediante script

Estoy usando este script dentro de un plugin para crear un nuevo menú personalizado sobre la marcha y asignarle una página...

$menu_id = wp_create_nav_menu( 'header-menu' );
$menu = array( 'menu-item-type' => 'custom', 'menu-item-url' => get_home_url('/'),'menu-item-title' => 'Inicio', 'menu-item-status' => 'publish' );
wp_update_nav_menu_item( $menu_id, 0, $menu );

Y esto funciona perfectamente. Sin embargo, lo que no logro resolver es cómo conectar este menú a una de las "Ubicaciones de Menú" de mi tema. Como estoy registrando una ubicación llamada "header-menu" en el functions.php de mi tema, pensé que el código anterior, llamando a wp_create_nav_menu( 'header-menu' ) conectaría mi menú personalizado a la ubicación definida en mi tema como "header-menu", pero no es así.

Por ejemplo, mi tema registra dos ubicaciones de menú...

register_nav_menus(
  array('header-menu' => __( 'Mi Menú de Cabecera' ), 
 'footer-menu' => __( 'Menú de Pie de Página' ))
);

¿Cómo puedo conectar el "Menú de Cabecera" que creé con wp_create_nav_menu( 'Header Menu' ) a la ubicación "Mi Menú de Cabecera" que registré en mi tema? Estoy seguro de que la respuesta está en nav-menu.php, pero no la encuentro.

Es decir, puedo hacer esto manualmente desde el administrador de WordPress "Apariencia > Menús" y bajo "Ubicaciones del Tema > Menú de Navegación Principal" selecciono "Menú de Cabecera" y hago clic en "Guardar". Estoy tratando de hacer esto mediante script.