¿Cómo crear un menú desplegable como el del tema Twenty Eleven?

Aquí hay un fragmento rápido que uso para comenzar mis proyectos:

El primer paso es agregar algo de código al archivo functions.php. Esto es lo que habilitará el Menú Personalizado de WordPress. Los controles estarán en Apariencia>Menús una vez que hayas terminado. Código para functions.php:

<?php
add_action( 'init', 'register_my_menus' );
function register_my_menus() {
register_nav_menus(
array(
    'main' => __( 'Menú Principal' ),
    'secondary-menu' => __( 'Menú Secundario' ),
    ));
}
?>

El código anterior permite dos menús. Te mostraré cómo agregar uno, y si quieres puedes usar el mismo método para agregar un segundo donde desees.

El siguiente paso es agregar el código al archivo header.php. Observa que arriba el primer menú en el array está etiquetado como main. Esto es lo que usaremos para colocar el menú en el header.php.

Aquí está el código para header.php:

<div id="menu" class="menu-center">
    <?php wp_nav_menu( array( 'theme_location' => 'main' ) ); ?>
</div>

Esto debe colocarse dentro de tus <div id="header"> (no es obligatorio, pero es el lugar más común para este código).

El último paso es agregar algo de CSS para estilizar el menú y hacer que realmente "descienda", en lugar de ser un montón de enlaces multinivel.

El código CSS:

ul.menu,ul.menu ul,ul.menu li,ul.menu a {
display:block;
margin:0;
padding:0;
}

ul.menu ul {
display:none;
}
ul.menu li:hover {
z-index:999;
}
ul.menu li:hover > ul {
display:block;
position:absolute;
float:left;
}
ul.menu li {
float:left;
width:auto;
}
ul.menu ul li {
float:left;
width:190px;
}
ul.menu ul li ul {
float:left;
width:190px;
position:absolute;
left:100%;
top:0;
}
ul.menu-ver,ul.menu-ver ul {
width:14em;
}

div.menu-center ul.menu {
float:left;
position:relative;
left:50%;
}

div.menu-center ul.menu li {
position:relative;
left:-50%;
}

div.menu-center ul.menu li li {
left:auto;
}


ul.menu li a {
border-bottom:1px outset ghostwhite;
}

ul.menu li a {
padding:8px 12px 10px;
}

ul.menu li a:link,ul.menu li a:hover,ul.menu li a:visited,ul.menu li a:active {
text-decoration:none;
border-bottom:1px outset black;
}


ul.menu li {
background: #45484d;
background: -moz-linear-gradient(top, #45484d 0%, #000000 100%);
background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, color-stop(0%,#45484d), color-stop(100%,#000000));
background: -webkit-linear-gradient(top, #45484d 0%,#000000 100%);
background: -o-linear-gradient(top, #45484d 0%,#000000 100%);
background: -ms-linear-gradient(top, #45484d 0%,#000000 100%);
filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient( startColorstr='#45484d', endColorstr='#000000',GradientType=0 );
background: linear-gradient(top, #45484d 0%,#000000 100%);
}
.menu-center {
float:right;
margin-right:95px;
}

ul.menu li a{
color:ghostwhite;
}
ul.menu li a:hover {
background: #efefef;
background: -moz-linear-gradient(top, #efefef 0%, #ffffff 100%);
background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, color-stop(0%,#efefef), color-stop(100%,#ffffff));
background: -webkit-linear-gradient(top, #efefef 0%,#ffffff 100%);
background: -o-linear-gradient(top, #efefef 0%,#ffffff 100%);
background: -ms-linear-gradient(top, #efefef 0%,#ffffff 100%);
filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient( startColorstr='#efefef', endColorstr='#ffffff',GradientType=0 );
background: linear-gradient(top, #efefef 0%,#ffffff 100%);
color:black;
}

Puedes jugar con el CSS para ajustarlo a tu gusto, pero esto debería darte un buen punto de partida.

Editado para compatibilidad con WordPress 3.3:

Después de actualizar a la última versión de WordPress (v3.3) parece que los menús no funcionarán si tu tema está usando el hook after_setup_theme y usas el hook 'init' para registrar los menús.

La solución:

Para este ejemplo usaré el nombre yourtheme como nombre_de_la_función.

Ejemplo de archivo functions.php:

<?php
if ( ! isset( $content_width ) )
$content_width = 610;
add_action( 'after_setup_theme', 'yourtheme_setup' );
if ( ! function_exists( 'yourtheme_setup' ) ):
function yourtheme_setup() {
  // Agrega estilos al editor visual (editor-style.css)
  add_editor_style();
  add_theme_support( 'automatic-feed-links' );
  // Registrar Menús Personalizados
    register_nav_menus(
      array(
        'main' => 'Menú Principal',
        'secondary' => 'Menú Secundario',
        )
      );  
  // Agregar Miniaturas de Entradas y Tamaños de Imagen Personalizados
  add_theme_support( 'post-thumbnails', array( 'post' ) );
  // Agregar soporte para varios formatos de entrada
  add_theme_support( 'post-formats', array( 'aside', 'link', 'gallery', 'status', 'quote', 'image' ));
  }
endif; // yourtheme_setup
/**
 * Comienza el resto del código de tu archivo functions.php...
 * 
 */
?>

Mira el archivo functions.php del tema TwentyTen para ver otras funciones que puedes incluir en el hook after_theme_setup.