Comprobar si un tipo de entrada tiene un término

if( has_term( 'jazz', 'genre' ) ) {
    // hacer algo
}

http://codex.wordpress.org/Function_Reference/has_term

Probé el código a continuación y funciona -- ¿es esto lo que estás buscando?

<?php
    // obtén tu tipo de publicación personalizada y muestra todas
    query_posts('post_type=articles&posts_per_page=-1');

    if ( have_posts() ) : while ( have_posts() ) : the_post();

        // puedes mostrar tu título, enlace permanente, etc. en cualquier parte del bucle

        // obtén todos los elementos en tu taxonomía personalizada
        $terms = get_the_terms($post->ID, 'Subject');

        // recorre cada término y realiza tu verificación
        foreach ( $terms as $term ) {
            if($term->name == 'Término que estás verificando') {
                // haz lo que necesites aquí
            }
        }
    endwhile; endif;
?>

Reemplaza 'Término que estás verificando' arriba con el nombre real del tema contra el que estás verificando, no el slug.

Edición: No soy un experto en rendimiento de bases de datos, así que no estoy seguro si esta es la forma óptima de recuperar la información que buscas -- estoy abierto a sugerencias de otros.

Yo mismo he tenido una lucha interesante con esto.

Estoy usando http://codex.wordpress.org/Function_Reference/get_the_terms http://codex.wordpress.org/Function_Reference/is_object_in_term

Necesitaba mostrar encabezados de categorías y otros metadatos dependiendo de la presencia de etiquetas de taxonomía.

Obtuve resultados impredecibles con is_object_in_term al verificar un ARRAY de etiquetas específicas, pero quizás lo que hice le sirva a alguien más. Terminé haciéndolo funcionar usando NULL, pero solo necesitaba verificar si existía una taxonomía y CUALQUIER término bajo ella aplicaba a la entrada que se estaba viendo para poder mostrar ciertos elementos.

Supongo que si solo estás buscando UN término, los ejemplos estándar en la página del codex deberían ayudar. Algo como...

if ( is_object_in_term( $post->ID, 'news', 'subject' ) ) :
echo 'SÍ';
else :
echo 'NO';
endif;

Mi código relevante a continuación:

 $heading_nicename = array('Categoría','Barrios','Códigos Postales','Agencias Miembro','Transporte Público Más Cercano');
 $tax_slug = array('category','neighborhoods','zip_codes','member_agencies','nearest_public_transportation');
 $heading_key = 0;
 $termindex = 0;`

  foreach ( $tax_slug as $taxonomy ) {
  //usado para mostrar términos como enlaces
  $object_terms = wp_get_object_terms($post->ID, $taxonomy, array('fields' => 'all'));

  //usado en una verificación para ver si los términos de taxonomía aplican a la entrada
  $o_terms = get_the_terms( $post->ID, $taxonomy );

  if ( $o_terms && ! is_wp_error( $o_terms ) ) {
    $check_these_terms = array();
  }

  foreach ( $o_terms as $term ) {
    $check_these_terms[] = $term->slug;
    //echo $term->slug.'<br/>';
    }

    $o_list = join( ", ", $check_these_terms );
    //echo 'taxonomía: '.$taxonomy.'<br/>';
    //echo 'términos: '.$o_list.'<br/>';

 //resultados impredecibles
 //if ( is_object_in_term( $post->ID, $taxonomy, array($o_list ) ){
    //echo '<h4>'.$heading_nicename[$heading_key].'</h4>';
    //}

 //Termina siendo una verificación para CUALQUIER término bajo una taxonomía
    if ( is_object_in_term( $post->ID, $taxonomy, null ) ){
    echo '<h4>'.$heading_nicename[$heading_key].'</h4>';
    }

    $heading_key++;
    echo '<p>';

$endindex = count($object_terms);
$termloop = 0;
foreach ($object_terms as $term) {

  echo '<a href="' . esc_attr(get_term_link($term, $taxonomy)) . '" title="' . sprintf( __( "Ver todas las entradas en %s" ), $term->name ) . '" ' . '>' . $term->name.'</a>';
  //limpiar comas
  if ($termloop !== ($endindex - 1)){
    echo ', ';
    $termloop++;
  }
  $termindex++;
}
    echo '</p>';

  }`

¿Has probado a usar wp_get_object_terms?

Algo como:

$article_subjects = wp_get_object_terms($post->ID, 'subject');

si cada artículo tiene un tema, no necesitas comprobar si tiene un tema, ¿verdad? Entonces puedes usar algo como esto:

<?php echo get_the_term_list( $post->ID, 'subject', __('Tema: ', 'theme-name'), '  ', '' ); ?>