Diferencia entre do_action y add_action

Esta es mi suposición, así que si sabes algo mejor, por favor haz un comentario para que pueda actualizar mi conjetura.

El código de tu plugin se ejecuta antes de wp_head() (que podemos asumir que invocará las acciones añadidas a él). Cuando haces add_action('wp_head','custom_register'), le estás diciendo a PHP que cuando (en el futuro) se llame a do_action('wp_head'), también llame a custom_register(). Lo mismo ocurre con tu llamada a add_action('custom','custom_register'), pero como ves en tu código, la llamada a do_action('custom') ya se ha realizado, y cuando se llamó, no había (todavía) ninguna acción añadida a ella.

Por eso Toscho preguntó qué pasa cuando llamas a do_action('custom') después de haber registrado el callback. Tu respuesta sobre el back end y el front end es ambigua. Si intercambias las dos últimas líneas en el siguiente código, creo que funcionará:

function custom_register()
{
    echo '<script>jQuery(document).ready(function(){alert("Aprendiendo Hooks");});</script>';

}
do_action('custom');                    // Esto se llama antes de que tenga efecto.

add_action('custom','custom_register'); // Demasiado tarde - do_action ya fue llamado.

do_action: Registra un gancho de acción (action hook) mientras que add_action: agrega una función de callback al gancho registrado.

Ejemplo

Imagina que quieres imprimir algo antes de la barra lateral en tu plantilla.

1. Agregarás un gancho de acción en tu archivo de plantilla index.php mediante <?php add_action('bp_sidebar_left'); ?>.
2. Ahora en tu archivo functions.php puedes agregar una función de callback a ese gancho para imprimir lo que desees.

add_action('bp_sidebar_left', 'bp_sidebar_left_cb');
function bp_sidebar_left_cb() {
    echo '¡Hola Mundo!';
}

Debes usar de la siguiente manera:

function custom_register()
{
    echo '<script>jQuery(document).ready(function(){alert("Aprendiendo Hooks");});</script>';

}
.

add_action('custom','custom_register'); // Demasiado tarde - do_action ya fue llamado
do_action('custom');                    // Esto se llama antes de que tenga efecto