Omitir los primeros 3 posts en wp query

Para omitir publicaciones simplemente usa el parámetro offset en wp_query.

Para mostrar las últimas tres publicaciones:

<?php
$latestpost = new WP_Query('order=asc&orderby=meta_value&meta_key=date&posts_per_page=3');

// Aquí añade el bucle para mostrar las publicaciones como

while($latestpost->have_posts()) : $latestpost->the_post();

the_title();

the_content();

endwhile; wp_reset_query();

// Después de eso omite tres publicaciones usando offset

 $latestpost = new WP_Query('order=asc&orderby=meta_value&meta_key=date&posts_per_page=6&offset=3&paged=' . $paged); 

the_title();

the_content();

endwhile; wp_reset_query();

?>

Eso es todo

http://www.smashingmagazine.com/2009/06/10-useful-wordpress-loop-hacks/#2-use-more-than-one-loop-on-a-page-without-printing-duplicate-posts

Bueno, acabo de seguir este método y le hice algunos cambios...

// en functions.php
$mega = new WP_Query('order=asc&orderby=meta_value&meta_key=date&posts_per_page=3');
//configurar las publicaciones por página a 3 para que se muestren los ID de las primeras 3 publicaciones
$ids = array();
while ($mega->have_posts()) : $mega->the_post();
$ids[] = get_the_ID();

endwhile;

Después de eso, al bucle principal para omitir las primeras tres publicaciones del bucle, al que le hice algunos cambios.

   $args= array(
'post_type' => 'post',
'posts_per_page' => 6,
'paged' => $paged,
'order'=> 'asc',
'orderby'=> 'meta_value',
'meta_key'=>'date',
'post__not_in' => $ids

 );
    $wp_query = new WP_Query($args);

Y funciona como yo quería..

Usando el parámetro offset: https://codex.wordpress.org/Class_Reference/WP_Query#Pagination_Parameters

$wp_query = new WP_Query('order=asc&orderby=meta_value&meta_key=date&posts_per_page=6&offset=3&paged=' . $paged); ?>

¿En lugar de usar el atributo offset has considerado crear una variable con un valor de 1 que se incremente en el bucle? Si el bucle es menor que 4 no hacer nada, de lo contrario:

<?php
    $p=1;
    while ( have_posts() ) : the_post();
        if($p > 3) {
?>
// HACER ALGO

Esto no resuelve el problema directamente, pero podrías establecer una condición para que si es la primera página entonces omita los primeros 3 posts?