Relación padre-hijo en tipos de contenido personalizado

En tu llamada a register_post_type, asegúrate de incluir estos argumentos:

register_post_type(
    'my_post_type',
    array(
        'hierarchical' => true,
        'public' => true,
        'rewrite' => array(
            'slug'       => 'my_post_type',
            'with_front' => false,
        ),
        'supports' => array(
            'page-attributes' /* Esto mostrará el campo de post padre */,
            'title',
            'editor',
            'something-else',
        ),
        // Otros argumentos
    )
);

Asegúrate de actualizar los permalinks (simplemente visita la página Ajustes > Enlaces permanentes).

Ahora, cuando crees un nuevo my_post_type, simplemente asígnale un post padre y su permalink se verá algo así:

http://example.com/parent-post-type/my-post-type/

Puedes tener tantos niveles como necesites.