Usar pre_get_posts con WP_Query

La forma más sencilla es agregar la acción justo antes de la consulta y eliminarla inmediatamente después.

add_action('pre_get_posts', 'some_function_in_functionsphp');
$my_secondary_loop = new WP_Query(...);
remove_action('pre_get_posts', 'some_function_in_functionsphp');

if( $my_secondary_loop->have_posts() ):
    while( $my_secondary_loop->have_posts() ): $my_secondary_loop->the_post();
       //El bucle secundario
    endwhile;
endif;
wp_reset_postdata();

EDITADO

Otra técnica que puedes usar es establecer tu propia variable de consulta y verificarla en un hook:

// indicarle a WordPress sobre nuestra nueva variable de consulta
function wpse52480_query_vars( $query_vars ){
    $query_vars[] = 'my_special_query';
    return $query_vars;
}
add_filter( 'query_vars', 'wpse52480_query_vars' );

// verificar si nuestra variable de consulta está configurada en cualquier consulta
function wpse52480_pre_get_posts( $query ){
    if( isset( $query->query_vars['my_special_query'] ) )
        // hacer cosas especiales

    return $query;
}
add_action( 'pre_get_posts', 'wpse52480_pre_get_posts' );

y en la plantilla:

// establecer la variable de consulta (junto con cualquier otra) para activar el filtro
$args = array(
    'my_special_query' => true
);
$my_secondary_loop = new WP_Query( $args );