Utilizzare pre_get_posts con WP_Query

Il modo più semplice è aggiungere l'azione appena prima della query e rimuoverla subito dopo.

add_action('pre_get_posts', 'some_function_in_functionsphp');
$my_secondary_loop = new WP_Query(...);
remove_action('pre_get_posts', 'some_function_in_functionsphp');

if( $my_secondary_loop->have_posts() ):
    while( $my_secondary_loop->have_posts() ): $my_secondary_loop->the_post();
       // Il loop secondario
    endwhile;
endif;
wp_reset_postdata();

MODIFICA

Un'altra tecnica che puoi usare è impostare il tuo query var personale e verificarlo in un hook:

// informa WordPress della nostra nuova query var
function wpse52480_query_vars( $query_vars ){
    $query_vars[] = 'my_special_query';
    return $query_vars;
}
add_filter( 'query_vars', 'wpse52480_query_vars' );

// verifica se la nostra query var è impostata in qualsiasi query
function wpse52480_pre_get_posts( $query ){
    if( isset( $query->query_vars['my_special_query'] ) )
        // esegui operazioni speciali

    return $query;
}
add_action( 'pre_get_posts', 'wpse52480_pre_get_posts' );

e nel template:

// imposta la query var (insieme a qualsiasi altra) per attivare il filtro
$args = array(
    'my_special_query' => true
);
$my_secondary_loop = new WP_Query( $args );