Come modificare ciò che viene visualizzato in wp_head, sia dal tema che da WordPress in generale?

Primo: non caricare versioni personalizzate degli script inclusi nel core di WordPress, incluso (e soprattutto) jQuery.

Secondo, per rispondere alla tua domanda: quegli script e fogli di stile dei Plugin vengono accodati, utilizzando add_action(), tramite una callback collegata a uno dei seguenti action hook:

• wp_head
• wp_enqueue_scripts
• wp_print_scripts
• wp_print_styles

(Ce ne sono altri, ma questi sono i più probabili.)

All'interno della callback, vengono utilizzate le seguenti funzioni per accodare:

• Fogli di stile: wp_enqueue_style()
• Script: wp_enqueue_script()

Quindi, per un foglio di stile accodato da un Plugin, chiamato foobar.css, dovresti cercare nei file del Plugin le chiamate a wp_enqueue_style(), quindi annotare il nome della funzione callback in cui viene chiamata. Poi, trova la chiamata add_action() che fa riferimento a quella funzione callback. Ad esempio:

add_action( 'wp_head', 'pluginname_enqueue_styles' );

Una volta trovata quella chiamata, puoi sovrascriverla tu stesso, utilizzando remove_action():

remove_action( 'wp_head', 'pluginname_enqueue_styles' );

Non sono d'accordo che sovrascrivere le versioni predefinite con una versione ospitata su CDN sia una cattiva pratica. Tuttavia, spetta a te assicurarti di utilizzare una versione compatibile con tutti i tuoi plugin. Assicurati di testare accuratamente.

Per sovrascrivere la versione predefinita di jQuery con quella del CDN, aggiungi qualcosa come questo al tuo functions.php:

function replace_jquery() {
    if (!is_admin()) {
        wp_deregister_script('jquery');
        wp_register_script('jquery', 'http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js', false, '1.9.1');
        wp_enqueue_script('jquery');
    }
}
add_action('init', 'replace_jquery');