Как заменить функцию, объявленную внутри класса плагина, в functions.php?

Если ваш плагин зарегистрирован следующим образом:

class Test_Class_Parent {
  function __construct() {
    add_action('wp_head',array($this,'test_method'));
  }

  function test_method() {
    echo 'Вывод из родительского класса';
  }
}
$p = new Test_Class_Parent();

Тогда вы можете удалить фильтр, обратившись к глобальной переменной:

class Test_Class_Child extends Test_Class_Parent {
  function __construct() {
    $this->unregister_parent_hook();
    add_action('wp_head',array($this,'test_method'));
  }

  function unregister_parent_hook() {
    global $p;
    remove_action('wp_head',array($p,'test_method'));
  }

  function test_method() {
    echo 'Вывод из дочернего класса';
  }
}
$c = new Test_Class_Child();

В противном случае вам придется анализировать глобальную переменную $wp_filter для поиска ключа регистрации:

class Test_Class_Child extends Test_Class_Parent {
  function __construct() {
    $this->unregister_parent_hook();
    add_action('wp_head',array($this,'test_method'));
  }

  function unregister_parent_hook() {
    global $wp_filter;
    if (!empty($wp_filter['wp_head'])) {
      foreach($wp_filter['wp_head'] as $cb) {
        foreach ($cb as $k => $v) {
          if (
            isset($v['function'])
            && is_a($v['function'][0],'Test_Class_Parent')
            && isset($v['function'][1])
            && 'test_method' == $v['function'][1]
          ) {
            remove_action('wp_head',$k);
          }
        }
      }
    }
  }

  function test_method() {
    echo 'Вывод из дочернего класса';
  }
}
$c = new Test_Class_Child();

Этот метод требует значительных ресурсов, и его следует использовать только в крайнем случае.

Этот плагин делает свою функцию инициализации wcpgsk_init() заменяемой (pluggable), поэтому другой способ переопределить её — определить её первой в must-use плагине (так как в "functions.php" вашей темы уже слишком поздно). Вы можете поместить ваше переопределение в "wp-content/mu-plugins/functions.php":

function wcpgsk_init() {
    global $wcpgsk, $wcpgsk_about, $wcpgsk_options, $wcpgsk_session, $wcpgsk_woocommerce_active;    
    //продолжаем загрузку только если
    if ( $wcpgsk_woocommerce_active && version_compare( WOOCOMMERCE_VERSION, "2.0" ) >= 0 ) {
        $FILE = WP_PLUGIN_DIR . '/woocommerce-poor-guys-swiss-knife/woocommerce-poor-guys-swiss-knife.php'; // Поддельный __FILE__
        $dirname = dirname( $FILE ) . '/';
        $wcpgsk_options = get_option('wcpgsk_settings', true);
        require_once( $dirname . 'classes/woocommerce-poor-guys-swiss-knife.php' );
        require_once( $dirname . 'classes/woocommerce-poor-guys-swiss-knife-about.php' );   
        require_once( $dirname . 'wcpgsk-af.php' );

        if ( !is_admin() ) :
            add_action( 'plugins_loaded', 'wcpgsk_load_wcsession_helper' );
        endif;

        // Ваше переопределение.
        class My_WCPGSK_Main extends WCPGSK_Main {
            public function wcpgsk_email_after_order_table($order) {
                echo "O la la";
            }
        }
        define( 'WCRGSK_DOMAIN', WCPGSK_DOMAIN ); // Исправление опечатки! (WooCommerce Rich Guys Swiss Knife?)

        //загружаем в нашу глобальную переменную
        $wcpgsk = new My_WCPGSK_Main( $FILE );
        $wcpgsk->version = '2.2.4'; 
        $wcpgsk->wcpgsk_hook_woocommerce_filters();


    } elseif ( version_compare( WOOCOMMERCE_VERSION, "2.0" ) < 0 ) {
        add_action( 'admin_notices', 'wcpgsk_woocommerce_version_message', 0 ) ;    
        return;
    } else {
        return;
    }
}

Но ещё лучший способ переопределить её — установить runkit (https://github.com/padraic/runkit) и затем просто заменить её напрямую в "functions.php" вашей темы:

add_action( 'init', function () {
    $code = <<<'EOD'
echo "O la la";
EOD;
    runkit_method_redefine(
        'WCPGSK_Main',
        'wcpgsk_email_after_order_table',
        '$order',
        $code,
        RUNKIT_ACC_PUBLIC
    );
} );

(Это шутка, кстати.)