почему плагины загружаются перед pluggable-функциями

Прямо из исходного кода файла pluggable.php:

<?php
/**
 * Эти функции могут быть заменены через плагины. Если плагины не переопределяют эти
 * функции, тогда будут использованы эти.
 *
 * @package WordPress
 */
?>

Итак, вот ваш ответ — функции в pluggable.php предназначены для переопределения плагинами.

По поводу порядка загрузки:

Смотрите эту публикацию Константина Ковшенина. Ключевые моменты (10-15):

1. wp_get_active_and_valid_plugins() получает список всех активных файлов плагинов для загрузки и включает их. На этом этапе выполняется код вашего плагина, определяются функции, классы и т.д.
2. Подключаются wp-includes/wp-pluggable.php и wp-includes/wp-pluggable-deprecated.php, которые содержат функции (и устаревшие функции), которые могут быть переопределены плагинами. Например, wp_mail() для более продвинутой отправки почты, wp_authenticate() для альтернативных методов аутентификации и т.д.
3. Вызывается wp_set_internal_encoding() для установки внутренней кодировки согласно опции blog_charset.
4. Вызывается wp_cache_postload(), если включено кэширование объектов.
5. На этом этапе срабатывает действие plugins_loaded. Это самое первое действие (после muplugins_loaded, которое срабатывает до загрузки плагинов WordPress, не относящихся к мультисайту), к которому можно подключиться. Оно происходит до init, так как WordPress ещё не инициализирован полностью.

Итак, упрощённо:

1. Загружаются плагины
2. Загружается pluggable.php
3. Срабатывает действие plugins_loaded

Что соответствует ожидаемому порядку.

(Примечание: всё это происходит в wp-settings.php.)