Помогите разобраться с функциями wp_header() и wp_footer()

Codex — хорошее место для начала: wp_head и wp_footer

Функция wp_head() размещается в секции head шаблона вашей темы и просто выполняет все действия, привязанные к ней. Если вы посмотрите в файл /wp-includes/default-filters.php, то увидите все стандартные действия, которые вызываются при выполнении этой функции.

Вы также можете привязать свои собственные функции для выполнения действий или вывода данных в раздел head вашей темы. То же самое относится и к wp_footer(), которая предназначена для вывода данных или выполнения фоновых действий перед закрывающим тегом body.

Вы привязываете действие к функции с помощью add_action. Вот простой пример, который можно добавить в файл functions.php вашей темы или в плагин. Допустим, вам нужно вывести условный комментарий для браузера IE6:

add_action('wp_head', 'your_function');
function your_function(){
?>
    <!--[if IE 6]>
    Специальные инструкции для IE 6 здесь
    <![endif]-->
<?php
}

Когда в теме вызывается wp_head(), выполняется функция your_function(), и её вывод появляется там, где был сделан вызов wp_head().

Вы также можете удалять привязанные действия с помощью remove_action. Например, если вы хотите удалить ссылки на RSS-ленты, которые WordPress добавляет в раздел head, можно удалить это действие:

remove_action('wp_head', 'feed_links', 2);

WordPress имеет множество действий (см. список действий), которые выполняются на каждом этапе обработки запроса как на стороне пользователя, так и в админке. Это основа, на которой работают все плагины и многие функции тем.

Для получения дополнительной информации ознакомьтесь с Plugin API.