Añadiendo paginación a una plantilla de archivo personalizada

Estoy tratando de añadir paginación a mi plantilla de archivo. Si uso el mismo código que en mi plantilla principal del blog, no filtra los resultados basados en la etiqueta de la URL, en su lugar simplemente muestra todas las entradas. Probablemente sea obvio para la mayoría, pero claramente me estoy perdiendo algo.

He logrado que la página de archivo muestre solo las entradas relevantes usando el siguiente código (pero este no contiene paginación):

<?php if (have_posts()) : while (have_posts()) : the_post(); ?>
    <div class="col span_1_of_1 border_bottom">
        <h3 class="subtitle no_margin_bottom"><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></h3>
        <p class="blog_meta_information date">
            Autor: <a href="<?php echo get_author_posts_url( get_the_author_meta( 'ID' ), get_the_author_meta( 'user_nicename' ) ); ?>"><?php the_author(); ?></a>
            &nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;
            Fecha: <?php the_time('jS F Y') ?>
            <?php if(has_tag()) { ?>
                <br>
                Etiquetas: <?php the_tags( '',', ','' ); ?>
            <?php } else {} ?>
        </p>
        <p><?php the_field('introduction'); ?></p>
        <a href="<?php the_permalink(); ?>">Leer más</a>
    </div>
<?php endwhile; endif; wp_reset_postdata(); ?>

También tengo mi blog principal funcionando con paginación usando el siguiente código:

<?php 
    $paged = ( get_query_var('paged') ) ? get_query_var('paged') : 1;
    $custom_args = array(
        'post_type' => 'post',
        'posts_per_page' => 10,
        'paged' => $paged
    );
    $custom_query = new WP_Query( $custom_args ); 
?>
<?php if( $custom_query->have_posts() ) : while( $custom_query->have_posts() ) : $custom_query->the_post(); ?>
    <div class="col span_1_of_1 border_bottom">
        <h3 class="subtitle no_margin_bottom"><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></h3>
        <p class="blog_meta_information date">
            Autor: <a href="<?php echo get_author_posts_url( get_the_author_meta( 'ID' ), get_the_author_meta( 'user_nicename' ) ); ?>"><?php the_author(); ?></a>
            &nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;
            Fecha: <?php the_time('jS F Y') ?>
            <?php if(has_tag()) { ?>
                <br>
                Etiquetas: <?php the_tags( '',', ','' ); ?>
            <?php } else {} ?>
        </p>
        <p><?php the_field('introduction'); ?></p>
        <a href="<?php the_permalink(); ?>">Leer más</a>
    </div>
<?php endwhile; endif; wp_reset_postdata(); ?>
<!-- PAGINACIÓN -->
<?php
    if (function_exists(custom_pagination)) {
        custom_pagination($custom_query->max_num_pages,"",$paged);
    }
?>

Lo anterior también usa el siguiente código de mi archivo functions.php:

// PAGINACIÓN
function custom_pagination($numpages = '', $pagerange = '', $paged='') {
    if (empty($pagerange)) {
        $pagerange = 2;
    }
    /**
     * Esta primera parte de nuestra función es una alternativa
     * para la paginación personalizada dentro de un bucle regular que
     * usa las variables globales $paged y $wp_query.
     * 
     * Es bueno porque ahora podemos anular la paginación predeterminada
     * en nuestro tema y usar esta función en consultas predeterminadas
     * y consultas personalizadas.
     */
    global $paged;
    if (empty($paged)) {
        $paged = 1;
    }
    if ($numpages == '') {
        global $wp_query;
        $numpages = $wp_query->max_num_pages;
        if(!$numpages) {
                $numpages = 1;
        }
    }
    /** 
     * Construimos los argumentos de paginación para ingresar en nuestra función
     * paginate_links. 
     */
    $pagination_args = array(
        'base'            => get_pagenum_link(1) . '%_%',
        'format'          => 'page/%#%',
        'total'           => $numpages,
        'current'         => $paged,
        'show_all'        => False,
        'end_size'        => 1,
        'mid_size'        => $pagerange,
        'prev_next'       => True,
        'prev_text'       => __('«'),
        'next_text'       => __('»'),
        'type'            => 'plain',
        'add_args'        => false,
        'add_fragment'    => ''
    );
    $paginate_links = paginate_links($pagination_args);
    if ($paginate_links) {
        echo "<div class='custom-pagination'>";
            echo "<span class='page-numbers page-num'>Página " . $paged . " de " . $numpages . "</span> ";
            echo $paginate_links;
        echo "</div>";
    }
}

¿Alguien sabe cómo puedo hacer que esta paginación también funcione con mi plantilla de archivo?

Gracias de antemano,

Tom