¿Cómo usar la sentencia "TRUNCATE TABLE" de MySQL?
He intentado usar dbDelta y $wpdb->query, pero no funcionan. ¿Alguien tiene alguna idea?

Según esta entrada del foro, el truncate no funciona. Supongo que, al ser una consulta tan destructiva, está filtrada por la clase. También está esta publicación en Trac, que si la estoy leyendo correctamente, no permite sentencias DDL.

@goodseller No estoy seguro de lo que intentas hacer, así que quizás no sea importante para ti, pero ten en cuenta que DELETE no reinicia las columnas de autoincremento. Así que aunque tu tabla estará vacía, el próximo ID de elemento continuará desde donde quedó el último valor autoincrementado.

@MathSmath Sí~ Eso es cierto, muy cierto. Pero, ¿hay alguna forma de hacerlo?

Lo encontré: $wpdb->query("ALTER TABLE tableName AUTO_INCREMENT=0") Gracias @MathSmath :)

Sé que hay respuestas similares arriba, pero en las respuestas anteriores, la tabla wp_post se usa por error. Si alguien usa ese código por equivocación, perderá todas sus publicaciones.
Así que comparto la forma correcta de truncar.
global $wpdb;
$table_name = $wpdb->base_prefix.'nombre_de_la_tabla_sin_prefijo';
$wpdb->query("TRUNCATE TABLE $table_name");
