Creando una instancia de wp_editor con botones personalizados de tinyMCE

Puedes configurar los parámetros mediante un array en la función wp_editor(); un ejemplo:

$settings = array(
    'tinymce'       => array(
        'setup' => 'function (ed) {
            tinymce.documentBaseURL = "' . get_admin_url() . '";
        }',
    ),
    'quicktags'     => TRUE,
    'editor_class'  => 'frontend-article-editor',
    'textarea_rows' => 25,
    'media_buttons' => TRUE,
);
wp_editor( $content, 'article_content', $settings ); 

Puedes establecer los valores mediante un array en el parámetro 'tinymce', 'tinymce' => true, // cargar TinyMCE, puede usarse para pasar configuraciones directamente a TinyMCE usando un array() También es posible obtener los parámetros de los botones: theme_advanced_buttons1, theme_advanced_buttons2, theme_advanced_buttons3, theme_advanced_buttons4

array( 'theme_advanced_buttons1' => 'bold, italic, ul, pH, temp' )

también puedes usar un filtro para crear botones personalizados, aquí otro ejemplo:

function fb_change_mce_options($initArray) {
    // Cadena separada por comas de etiquetas extendidas
    // Cadena separada por comas de elementos extendidos
    $ext = 'pre[id|name|class|style],iframe[align|longdesc|name|width|height|frameborder|scrolling|marginheight|marginwidth|src]';
    if ( isset( $initArray['extended_valid_elements'] ) ) {
        $initArray['extended_valid_elements'] .= ',' . $ext;
    } else {
        $initArray['extended_valid_elements'] = $ext;
    }
    // opcional: establecer el parámetro verify_html de TinyMCE
    //$initArray['verify_html'] = false;
    return $initArray;
}
add_filter( 'tiny_mce_before_init', 'fb_change_mce_options' );

también puedes filtrar los botones directamente; cada línea tiene su propio filtro: mce_buttons, mce_buttons_2, mce_buttons_3, mce_buttons_4

los siguientes parámetros son los valores por defecto para el ejemplo del hook: tiny_mce_before_init

'mode' => 'specific_textareas'
'editor_selector' => 'theEditor'
'width' => '100%'
'theme' => 'advanced'
'skin' => 'wp_theme'
'theme_advanced_buttons1' => 'bold,italic,strikethrough,|,bullist,numlist,blockquote,|,justifyleft,justifycenter,justifyright,|,link,unlink,wp_more,|,spellchecker,fullscreen,wp_adv'
'theme_advanced_buttons2' => 'formatselect,underline,justifyfull,forecolor,|,pastetext,pasteword,removeformat,|,media,charmap,|,outdent,indent,|,undo,redo,wp_help'
'theme_advanced_buttons3' => ''
'theme_advanced_buttons4' => ''
'language' => 'de'
'spellchecker_languages' => 'English=en,Danish=da,Dutch=nl,Finnish=fi,French=fr,+German=de,Italian=it,Polish=pl,Portuguese=pt,Spanish=es,Swedish=sv'
'theme_advanced_toolbar_location' => 'top'
'theme_advanced_toolbar_align' => 'left'
'theme_advanced_statusbar_location' => 'bottom'
'theme_advanced_resizing' => true
'theme_advanced_resize_horizontal' => false
'dialog_type' => 'modal'
'relative_urls' => false
'remove_script_host' => false
'convert_urls' => false
'apply_source_formatting' => false
'remove_linebreaks' => true
'gecko_spellcheck' => true
'entities' => '38,amp,60,lt,62,gt'
'accessibility_focus' => true
'tabfocus_elements' => 'major-publishing-actions'
'media_strict' => false
'paste_remove_styles' => true
'paste_remove_spans' => true
'paste_strip_class_attributes' => 'all'
'wpeditimage_disable_captions' => false
'plugins' => 'safari,inlinepopups,spellchecker,paste,wordpress,media,fullscreen,wpeditimage,wpgallery,tabfocus'

Consulta este enlace para más información sobre este filtro.

Solo para actualizar esto ya que tuve que revisar los archivos fuente de WordPress

$settings = array(
    'tinymce' => array(
        'toolbar1' => 'negrita, cursiva',
        'toolbar2' => '',
    ),
    'wpautop' => false,
    'media_buttons' => false,
);

Creo que esto cambió con TinyMCE 4.

$args = array(
    'tinymce'       => array(
        'toolbar1'      => 'negrita,cursiva,subrayado,separador,alinearizquierda,alinearcentro,alinearderecha,separador,enlace,quilarenlace,deshacer,rehacer',
        'toolbar2'      => '',
        'toolbar3'      => '',
    ),
);
wp_editor( $content, $editor_id, $args );