get_query_var('paged') siempre devuelve vacío

Publico esto después de haber golpeado un muro buscando posibles soluciones.

Tengo un sitio con varios tipos de contenido personalizados y taxonomías personalizadas asociadas. Para facilitar las cosas, estoy usando una plantilla unificada taxonomy.php.

Dentro de esa plantilla hay tres bucles. Me gustaría que los tres se ejecuten en la primera página, y después de eso, solo el tercer bucle. Entiendo cómo hacer que funcione con is_paged() pero hay un problema mayor que no puedo resolver.

En mis $args incluí $paged de:

    $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;     

Pero $paged siempre devuelve 1, sin importar en qué página esté. Si hago directamente:

    get_query_var('paged')

Entonces no se devuelve nada, sin importar si estoy en la primera, segunda, tercera página, etc.

He leído que necesitas reiniciar cada bucle para que esto funcione, y esa es una práctica que siempre he seguido.

No incluiré toda la página aquí, ya que es una taxonomía bastante larga y compleja. En cambio, mostraré la configuración base de los dos bucles.

NOTA: No puedo usar pre_get_posts para esta página ya que afecta a todos los bucles. Cada uno de estos bucles tiene requisitos separados de posts_per_page y otros aspectos que deben mantenerse separados.

En la parte superior de la plantilla tengo:

    //esto evita duplicación
        $do_not_duplicate = array();

        global $wp_query;
        $term = $wp_query->queried_object;

Y configuro mi bucle después de mis args con:

while ($new_query->have_posts()) : $new_query->the_post();

El tercer bucle que quiero paginado tiene este código cercano:

    $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;                                 
                $args=array(
                    'posts_per_page' => $total_posts,
                    'post__not_in' => array_merge($do_not_duplicate, $unwanted_post_ids ),
                    'paged' => $paged,
                    'tax_query' => array(
                            array(
                                'taxonomy'  => $term->taxonomy,
                                'field'     => 'slug',
                                'terms'     => $term->slug,
                                )
                            )
                    );

                // Volver a ejecutar la consulta con los nuevos argumentos
                query_posts( $args );

He estado usando wp_query en lugar de query_posts, pero para mis últimos intentos eso es lo que he tenido allí. Preferiría cambiarlo de vuelta.

¿Alguna idea?