get_query_var('paged') restituisce sempre vuoto

Sto pubblicando questo dopo aver sbattuto contro un muro nel cercare possibili soluzioni.

Ho un sito con diversi custom post type e relative tassonomie personalizzate. Per semplificare, sto usando un template unificato taxonomy.php.

All'interno di questo template ci sono tre loop. Vorrei che tutti e tre venissero eseguiti nella prima pagina, mentre dalle pagine successive solo il terzo loop. Capisco come farlo funzionare con is_paged() ma c'è un problema più grande che non riesco a risolvere.

Nei miei $args ho incluso $paged da

    $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;     

Ma $paged restituisce sempre 1, indipendentemente dalla pagina in cui mi trovo. Se faccio direttamente

    get_query_var('paged')

Non viene restituito nulla, sia che io sia nella prima, seconda, terza o qualsiasi altra pagina.

Ho letto che è necessario resettare ogni loop per far funzionare questo, e questa è una pratica che ho sempre seguito.

Non includerò l'intera pagina qui, dato che si tratta di una tassonomia piuttosto lunga e complessa. Mostrerò invece la struttura base dei due loop.

NOTA: Non posso usare pre_get_posts per questa pagina perché influisce su tutti i loop. Ognuno di questi loop ha requisiti diversi per posts_per_page e altri aspetti che devono rimanere separati.

In cima al template ho

    //questo previene duplicazioni
        $do_not_duplicate = array();

        global $wp_query;
        $term = $wp_query->queried_object;

E configuro il mio loop dopo gli args con

while ($new_query->have_posts()) : $new_query->the_post();

Il terzo loop che voglio paginato ha questo codice nelle vicinanze

    $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;                                 
                $args=array(
                    'posts_per_page' => $total_posts,
                    'post__not_in' => array_merge($do_not_duplicate, $unwanted_post_ids ),
                    'paged' => $paged,
                    'tax_query' => array(
                            array(
                                'taxonomy'  => $term->taxonomy,
                                'field'     => 'slug',
                                'terms'     => $term->slug,
                                )
                            )
                    );

                // Rieseguo la query con i nuovi argomenti
                query_posts( $args );

Ho sempre usato wp_query invece di query_posts, ma nei miei ultimi tentativi ho provato così. Preferirei tornare alla versione precedente.

Qualche idea?