La página principal carga pero todos los enlaces permanentes dan error 404 con nginx y PHP-FPM

He estado intentando resolver un problema extraño con mi configuración de nginx, que parece haber dejado de funcionar poco después de aplicar una actualización de Debian backports.

La página de inicio de mi blog (http://blog.balaji-dutt.name/) funciona bien, pero al hacer clic en cualquier otro enlace permanente (Ejemplo 1, Ejemplo 2) aparece un error 404 de nginx.

Aquí está mi configuración, que ahora es básicamente la configuración estándar del Codex:

server {
    listen 80;
    server_name blog.balaji-dutt.name;
    error_log /var/log/nginx/blog-error.log;
    access_log /var/log/nginx/blog-access.log combined;

    ## Tu única referencia de ruta.
    root /var/www/wordpress;
    ## Esto debería estar en tu bloque http y si lo está, no es necesario aquí.
    index index.php;

    #Gzip
    include /etc/nginx/sites-available/gzip.conf;

    location / {
            # Esto es genial porque no se toca PHP para contenido estático.
            # incluye la parte "?$args" para que los enlaces permanentes no predeterminados no se rompan al usar cadenas de consulta
            try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
    }

    # denegar acceso a archivos .htaccess, si la raíz del documento de Apache
    # coincide con la de nginx
    #
    location ~ /\.ht {
            deny  all;
            access_log off;
    }

    location ~ \.php$ {
            try_files $uri =404;

            fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
            include fastcgi_params;
            fastcgi_index index.php;
            fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
            #fastcgi_intercept_errors on;
            fastcgi_pass   127.0.0.1:9010;
    }

}

Esto es lo que veo en el registro de errores de nginx cuando intento acceder a un enlace permanente (http://blog.balaji-dutt.name/about/):

2014/10/19 03:35:09 [error] 21698#0: *76739 "/var/www/wordpress/about/index.php" is not found (2: No such file or directory), client: 174.36.241.151, server: blog.balaji-dutt.name, request: "GET /about/ HTTP/1.1", host: "blog.balaji-dutt.name", referrer: "http://blog.balaji-dutt.name/"

Parece que nginx no está leyendo la directiva de ubicación para archivos .php, pero no he podido averiguar por qué ocurre esto. ¡Cualquier sugerencia o ayuda es bienvenida!

Actualización 1 - 20 Oct 2014

Listado de directorios para la ubicación raíz de nginx:

    # ls -la /var/www/wordpress
total 256
drwxr-xr-x  5 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 .
drwxr-xr-x  8 www-data www-data  4096 Jan 15  2014 ..
-rw-r--r--  1 blog   www-data   418 Sep 25  2013 index.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 19930 May 16 22:23 license.txt
-rw-r--r--  1 blog   www-data  1764 Oct  5 01:17 nginx.conf
-rw-r--r--  1 blog   www-data  7192 Sep 28 03:09 readme.html
-rw-r--r--  1 blog   www-data 55174 Mar 27  2014 sitemap.backup.xml
-rw-r--r--  1 blog   www-data  7125 Mar 27  2014 sitemap.backup.xml.gz
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4951 Sep 28 03:09 wp-activate.php
drwxr-xr-x  9 blog   www-data  4096 Dec 12  2013 wp-admin
-rw-r--r--  1 blog   www-data   271 Jan  8  2012 wp-blog-header.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4946 Sep 28 03:09 wp-comments-post.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2746 Sep 28 03:09 wp-config-sample.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data   237 Dec 22  2013 wp-config.php
drwxr-x---  9 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 wp-content
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2956 Sep 28 03:09 wp-cron.php
drwxr-xr-x 12 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 wp-includes
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2380 Oct 24  2013 wp-links-opml.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2714 Sep 28 03:09 wp-load.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 33043 Sep 28 03:09 wp-login.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  8252 Sep 28 03:09 wp-mail.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 11115 Sep 28 03:09 wp-settings.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 26256 Sep 28 03:09 wp-signup.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4026 Oct 24  2013 wp-trackback.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  3032 May 16 22:23 xmlrpc.php

Cuando intento acceder a la URL (http://blog.balaji-dutt.name/2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/), esto es lo que aparece en el registro de errores de nginx

*14 "/var/www/wordpress/2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/index.php" is not found (2: No such file or directory), client: 174.36.241.151, server: blog.balaji-dutt.name, request: "GET /2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/ HTTP/1.1", host: "blog.balaji-dutt.name", referrer: "http://blog.balaji-dutt.name/"

La ruta en el registro de errores es confusa, porque la parte después de /var/www/wordpress/ es en realidad el enlace permanente y no estoy seguro de por qué se está agregando a la solicitud.

Actualización 2 - 25 Oct 2014 [SOLUCIONADO]

Resulta que el archivo de configuración de nginx creado por W3 Total Cache para el almacenamiento en caché mejorado en disco romperá los enlaces permanentes, pero como el archivo solo se lee al recargar nginx, el sitio funcionará hasta que recargues/reinicies nginx. Respuesta detallada y una configuración funcional publicada en esta respuesta.