Homepage funziona ma tutti i permalink danno 404 con nginx e PHP-FPM

Sto cercando di risolvere uno strano problema con la mia configurazione nginx, che sembra aver smesso di funzionare dopo un aggiornamento dei backports Debian.

La pagina principale del mio blog (http://blog.balaji-dutt.name/) funziona perfettamente, ma cliccando su qualsiasi altro permalink (Esempio 1, Esempio 2) ottengo un errore 404 di nginx.

Ecco la mia configurazione, che ora è praticamente la configurazione standard del Codex:

server {
    listen 80;
    server_name blog.balaji-dutt.name;
    error_log /var/log/nginx/blog-error.log;
    access_log /var/log/nginx/blog-access.log combined;

    ## Percorso root
    root /var/www/wordpress;
    ## Questo dovrebbe essere nel blocco http e se c'è, non serve qui
    index index.php;

    #Gzip
    include /etc/nginx/sites-available/gzip.conf;

    location / {
            # Ottimo perché il PHP non viene toccato per i contenuti statici
            # include "?$args" così i permalink non standard non si rompono con le query string
            try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
    }

    # nega l'accesso ai file .htaccess, se la root document di Apache
    # coincide con quella di nginx
    location ~ /\.ht {
            deny  all;
            access_log off;
    }

    location ~ \.php$ {
            try_files $uri =404;

            fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
            include fastcgi_params;
            fastcgi_index index.php;
            fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
            #fastcgi_intercept_errors on;
            fastcgi_pass   127.0.0.1:9010;
    }

}

Questo è ciò che vedo nel log degli errori di nginx quando provo ad accedere a un permalink (http://blog.balaji-dutt.name/about/):

2014/10/19 03:35:09 [error] 21698#0: *76739 "/var/www/wordpress/about/index.php" is not found (2: No such file or directory), client: 174.36.241.151, server: blog.balaji-dutt.name, request: "GET /about/ HTTP/1.1", host: "blog.balaji-dutt.name", referrer: "http://blog.balaji-dutt.name/"

Sembra che nginx non stia leggendo la direttiva location per i file .php, ma non sono riuscito a capire il motivo. Ogni suggerimento o aiuto è ben accetto!

Aggiornamento 1 - 20 Ott 2014

Elenco delle directory nella root nginx:

    # ls -la /var/www/wordpress
total 256
drwxr-xr-x  5 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 .
drwxr-xr-x  8 www-data www-data  4096 Jan 15  2014 ..
-rw-r--r--  1 blog   www-data   418 Sep 25  2013 index.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 19930 May 16 22:23 license.txt
-rw-r--r--  1 blog   www-data  1764 Oct  5 01:17 nginx.conf
-rw-r--r--  1 blog   www-data  7192 Sep 28 03:09 readme.html
-rw-r--r--  1 blog   www-data 55174 Mar 27  2014 sitemap.backup.xml
-rw-r--r--  1 blog   www-data  7125 Mar 27  2014 sitemap.backup.xml.gz
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4951 Sep 28 03:09 wp-activate.php
drwxr-xr-x  9 blog   www-data  4096 Dec 12  2013 wp-admin
-rw-r--r--  1 blog   www-data   271 Jan  8  2012 wp-blog-header.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4946 Sep 28 03:09 wp-comments-post.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2746 Sep 28 03:09 wp-config-sample.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data   237 Dec 22  2013 wp-config.php
drwxr-x---  9 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 wp-content
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2956 Sep 28 03:09 wp-cron.php
drwxr-xr-x 12 blog   www-data  4096 Sep 28 03:09 wp-includes
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2380 Oct 24  2013 wp-links-opml.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  2714 Sep 28 03:09 wp-load.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 33043 Sep 28 03:09 wp-login.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  8252 Sep 28 03:09 wp-mail.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 11115 Sep 28 03:09 wp-settings.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data 26256 Sep 28 03:09 wp-signup.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  4026 Oct 24  2013 wp-trackback.php
-rw-r--r--  1 blog   www-data  3032 May 16 22:23 xmlrpc.php

Quando provo ad accedere all'URL (http://blog.balaji-dutt.name/2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/), ecco cosa appare nel log degli errori di nginx:

*14 "/var/www/wordpress/2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/index.php" is not found (2: No such file or directory), client: 174.36.241.151, server: blog.balaji-dutt.name, request: "GET /2013/481-nginx-apache-w3-total-cache-a-bad-combination/ HTTP/1.1", host: "blog.balaji-dutt.name", referrer: "http://blog.balaji-dutt.name/"

Il percorso nel log degli errori è confuso, perché la parte dopo /var/www/wordpress/ è in realtà il permalink e non sono sicuro del motivo per cui viene aggiunto alla richiesta.

Aggiornamento 2 - 25 Ott 2014 [RISOLTO]

Si è scoperto che il file di configurazione nginx creato da W3 Total Cache per la cache Disk Enhanced rompe i permalink, ma poiché il file viene letto solo al riavvio di nginx, il sito funziona finché non si riavvia nginx. Risposta dettagliata e una configurazione funzionante pubblicata in questa risposta.