La paginación no funciona con un loop personalizado

Tuve un problema similar hoy mismo...

¿Tienes un tipo de entrada personalizado (custom post type) y una página o entrada con el mismo slug? Es decir, ¿la URL de una página que tienes es /bienes-raices y la reescritura de URL del tipo de entrada personalizada también está en /bienes-raices?

Si ese es el caso, no puedes tener dos con la misma URL o WordPress se confundirá.

Puedes cambiar la URL o probar esto http://wordpress.org/support/topic/pagination-with-custom-post-type-listing?replies=23#post-1637753. Yo opté por cambiar mi URL, pero alguien allí escribió una consulta personalizada para solucionar el problema

Estoy usando esto para una paginación personalizada y funciona bien

//paginación para newsletter

     //definir en el archivo de funciones
      function custom_pagination($numpages = '', $pagerange = '', $paged='')  {

      if (empty($pagerange)) {
        $pagerange = 2;
      }

      /**
       * Esta primera parte de nuestra función es un respaldo
       * para la paginación personalizada dentro de un bucle regular que
       * usa las variables globales $paged y global $wp_query.
       * 
       * Es bueno porque ahora podemos sobrescribir la paginación por defecto
       * en nuestro tema, y usar esta función en consultas por defecto
       * y consultas personalizadas.
       */

      if ($paged == '') {
          global $paged;
          if (empty($paged)) {
            $paged = 1;
          }
      }
      if ($numpages == '') {
        global $wp_query;
        $numpages = $wp_query->max_num_pages;
        if(!$numpages) {
            $numpages = 1;
        }
      }

      /** 
       * Construimos los argumentos de paginación para ingresar a nuestra función
       * paginate_links.
       */

      $pagination_args = array(
        'base'            => get_pagenum_link(1) . '%_%',
        'format'          => 'page/%#%',
        'total'           => $numpages,
        'current'         => $paged,
        'show_all'        => false,
        'end_size'        => 1,
        'mid_size'        => $pagerange,
        'prev_next'       => true,
        'prev_text'       => __('◄'),
        'next_text'       => __('►'),
        'type'            => 'plain',
        'add_args'        => true,
        'add_fragment'    => '',
        'after_page_number' => '',
        'before_page_number' =>'',
        );
     $paginate_links = paginate_links($pagination_args);

      if ( $paginate_links ) {
        echo "<nav class='custom-pagination'>";
          //echo "<span class='page-numbers page-num'>Page " . $paged . " of " . $numpages . "</span> ";
          echo $paginate_links;
        echo "</nav>";
      }
    }
    ?>

// Definir esto para cualquier plantilla como template-newsletter

    <?php  $paged = ( get_query_var('paged') ) ? get_query_var('paged') : 1;
                               $newslatter_detail = array(
                               'post_type' => 'newsletter',
                               'post_status' => 'publish',
                               'posts_per_page' =>4,
                               'order' => 'ASC',
                               //'orderby' =>'date',
                               'paged' => $paged
                               );
                               $posts = new WP_Query( $newslatter_detail );
                               $posts_array = get_posts( $newslatter_detail );
                              if ( $posts -> have_posts() ) {
                               while ( $posts->have_posts() ) : $posts->the_post();
                               the_title();
                               endwhile;
                        wp_reset_postdata();
              } else { ?>
                 No se encontró lista de foros.
                <?php } ?>

              <div class="pagination">
                    <?php
                       if (function_exists(custom_pagination)) {
                        custom_pagination($posts->max_num_pages,"",$paged);
                       }
                       ?>
                 </div>

Esta es la solución que funcionó para mí, utilizando parte del código original de nurain y la respuesta de Jan Fabry:

<?php
$paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;
$myquery = new WP_Query(
    array(
        'posts_per_page' => '2',
        'paged'=>$paged
        // agregar cualquier otro parámetro a tu array wp_query
    )   
);  
?>

<?php
if ($myquery->have_posts()) :  while ($myquery->have_posts()) : $myquery->the_post();
?>

<!-- Inicia tu post. Abajo un ejemplo: -->

<div class="article-box">                               
<h2 class="article-title"><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></h2>
<p class="article-excerpt"><?php echo(get_the_excerpt()); ?></p>                        
</div>

<!-- Fin de tu post -->

<?php endwhile; ?>
<?php wp_pagenavi( array( 'query' => $myquery ) ); ?><!-- IMPORTANTE: asegúrate de incluir un array con los valores de tu query declarados previamente aquí -->
<?php wp_reset_query(); ?>
<?php else : ?>
<p>No se encontraron posts</p>
<?php endif; ?>

Puedes mostrar tu tipo de entrada personalizada usando este método y tu paginación funcionará!!!

<?php
  query_posts( array( 'post_type' => 'post', 'posts_per_page' => '2', 'paged' =>     get_query_var( 'paged' ) ) ); 

  if (have_posts() ) :  while (have_posts() ) : the_post(); 
?>
<!-- Inicia tu entrada. A continuación un ejemplo: -->
<div class="article-box">                               
<h2 class="article-title"><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php the_title(); ?></a></h2>
<p class="article-excerpt"><?php echo(get_the_excerpt()); ?></p>                        
</div>
<!-- Fin de tu entrada -->
<?php endwhile; ?>
<?php wp_pagenavi(); ?><!-- IMPORTANTE: asegúrate de incluir un array con los valores de consulta declarados previamente aquí -->
<?php wp_reset_query(); ?>
<?php else : ?>
<p>No se encontraron entradas</p>
<?php endif; ?>