¿Se puede renombrar la taxonomía predeterminada "etiquetas de entrada"?

Renombrar etiquetas específicas de categorías:

add_action('init', 'renameCategory');
function renameCategory() {
    global $wp_taxonomies;

    $cat = $wp_taxonomies['category'];
    $cat->label = 'Mis Categorías';
    $cat->labels->singular_name = 'Mi Categoría';
    $cat->labels->name = $cat->label;
    $cat->labels->menu_name = $cat->label;
    //…
}

Etiquetas: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/register_taxonomy#Arguments

Podrías eliminar la taxonomía de Categorías y luego simplemente crear la tuya propia.

En mi ejemplo he eliminado la taxonomía de categorías de los posts y la he reemplazado por una taxonomía de Temas

add_action( 'init', 'unregister_taxonomy' );
function unregister_taxonomy() {
    global $wp_taxonomies;
    $taxonomy = 'category';
    if ( taxonomy_exists($taxonomy) ){
        unset( $wp_taxonomies[$taxonomy] );
    }
}

function article_subjects() {
    $labels = array(
        'name'                       => _x( 'Temas', 'Nombre General de la Taxonomía', 'dc' ),
        'singular_name'              => _x( 'Tema', 'Nombre Singular de la Taxonomía', 'dc' ),
        'menu_name'                  => __( 'Temas', 'dc' ),
        'all_items'                  => __( 'Todos los Elementos', 'dc' ),
        'parent_item'                => __( 'Elemento Padre', 'dc' ),
        'parent_item_colon'          => __( 'Elemento Padre:', 'dc' ),
        'new_item_name'              => __( 'Nuevo Tema', 'dc' ),
        'add_new_item'               => __( 'Añadir Nuevo Elemento', 'dc' ),
        'edit_item'                  => __( 'Editar Elemento', 'dc' ),
        'update_item'                => __( 'Actualizar Elemento', 'dc' ),
        'separate_items_with_commas' => __( 'Separar elementos con comas', 'dc' ),
        'search_items'               => __( 'Buscar Elementos', 'dc' ),
        'add_or_remove_items'        => __( 'Añadir o eliminar elementos', 'dc' ),
        'choose_from_most_used'      => __( 'Elegir de los elementos más usados', 'dc' ),
        'not_found'                  => __( 'No encontrado', 'dc' ),
    );
    $args = array(
        'labels'                     => $labels,
        'hierarchical'               => false,
        'public'                     => true,
        'show_ui'                    => true,
        'show_admin_column'          => true,
        'show_in_nav_menus'          => true,
        'show_tagcloud'              => true,
    );
    register_taxonomy( 'article_subjects', array( 'post' ), $args );
}
add_action( 'init', 'article_subjects', 0 );

Desde aquí

// enganchar los filtros de traducción
add_filter(  'gettext',  'change_post_to_article'  );
add_filter(  'ngettext',  'change_post_to_article'  );

function change_post_to_article( $translated ) {
     $translated = str_ireplace(  'Post',  'Artículo',  $translated );  // ireplace solo para PHP5
     return $translated;
}