Truco para mostrar tipos de entradas personalizadas en una página de taxonomía personalizada

Prueba esto, añadiéndolo a tu archivo de funciones

add_filter( 'pre_get_posts', 'include_tax_posts' );

function include_tax_posts( $query ) {

    if ( is_tax()  && false == $query->query_vars['suppress_filters'] )
        $query->set( 'post_type', array( 'post', 'page', 'TU_TIPO_DE_POST' ) );

    return $query;
}

Ok, hice un poco de investigación y parece que hay un ticket para solucionar esto en la versión 3.1. Hasta entonces, quizás quieras probar usando este plugin: http://wordpress.org/extend/plugins/simple-custom-post-type-archives/

La otra opción, dado que es Thesis, es usar su API de loops personalizados y crear una consulta para ejecutar en todas las páginas configuradas desde esa taxonomía/tipo de post.

No sé si esto te ayudará, pero parece que estás usando un plugin para crear tipos de contenido personalizados y taxonomías (nunca he tenido mucha suerte con esos). Esto es lo que mi desarrollador hizo para mostrar publicaciones de una taxonomía personalizada en una página de contenido personalizado cuando los slugs coinciden. Similar a lo que estás haciendo pero técnicamente al revés...

En Functions.php...

Crear relación entre tipo de contenido personalizado y taxonomía personalizada

    global $post_tax;
    $post_tax = array(
        'store' => array('post' => 'stores', 'tax' => 'store'),
        'state' => array('post' => 'states', 'tax' => 'state')
    );

Registrar tipos de contenido

function post_types_custom_init() {

global $post_tax;

register_post_type($post_tax['store']['post'], array('label' => 'Tiendas','public' => true,'show_ui' => true,'_builtin' => false, 'capability_type' => 'post','hierarchical' => true,'rewrite' => array('slug' => 'stores'),'query_var' => true,'supports' => array('title','editor','excerpt','trackbacks','custom-fields','comments','revisions','thumbnail','author','page-attributes')) );

register_post_type($post_tax['state']['post'], array('label' => 'Estados','public' => true,'show_ui' => true,'_builtin' => false, 'capability_type' => 'post','hierarchical' => true,'rewrite' => array('slug' => 'states'),'query_var' => true,'supports' => array('title','editor','excerpt','trackbacks','custom-fields','comments','revisions','thumbnail','author','page-attributes')) );

}

Conectar a la acción init y llamar a create_post_type_taxonomies cuando se active

add_action( 'init', 'create_beer_taxonomies', 0 );

Crear taxonomías para sus tipos de contenido correspondientes

function create_beer_taxonomies() 
{

global $post_tax;

// Añadir nueva taxonomía
  $labels = array(
    'name' => _x( 'Tiendas', 'taxonomy general name' ),
    'singular_name' => _x( 'Tienda', 'taxonomy singular name' ),
    'search_items' =>  __( 'Buscar Tiendas' ),
    'all_items' => __( 'Todas las Tiendas' ),
    'parent_item' => __( 'Tienda Padre' ),
    'parent_item_colon' => __( 'Tienda Padre:' ),
    'edit_item' => __( 'Editar Tienda' ), 
    'update_item' => __( 'Actualizar Tienda' ),
    'add_new_item' => __( 'Añadir Nueva Tienda' ),
    'new_item_name' => __( 'Nombre de Nueva Tienda' ),
  );    

// Hacerla jerárquica (como categorías) y asignar a tipos de contenido específicos
  register_taxonomy($post_tax['store']['tax'],
    array('post',$post_tax['review']['post']),
    array(
    'hierarchical' => true,
    'labels' => $labels,
    'show_ui' => true,
    'query_var' => true,
    'rewrite' => array( 'slug' => 'stores-bp' ),
  ));

  $labels = array(
    'name' => _x( 'Estados', 'taxonomy general name' ),
    'singular_name' => _x( 'Estado', 'taxonomy singular name' ),
    'search_items' =>  __( 'Buscar Estados' ),
    'all_items' => __( 'Todos los Estados' ),
    'parent_item' => __( 'Estado Padre' ),
    'parent_item_colon' => __( 'Estado Padre:' ),
    'edit_item' => __( 'Editar Estado' ), 
    'update_item' => __( 'Actualizar Estado' ),
    'add_new_item' => __( 'Añadir Nuevo Estado' ),
    'new_item_name' => __( 'Nombre de Nuevo Estado' ),
  );

  register_taxonomy($post_tax['state']['tax'],
        array('post',$post_tax['beer']['review']),
    array(
    'hierarchical' => true,
    'labels' => $labels,
    'show_ui' => true,
    'query_var' => true,
    'rewrite' => array( 'slug' => 'states-bp' ),
  ));

}

En Plantilla/Bucle

function meta_loop_beers($queried_tax,$queried_term){
    //$paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1;

    $queried_page = get_query_var('paged');
    $paged = $queried_page ? $queried_page : 1;

    $post_type = '';

    global $post_tax;
    foreach($post_tax as $relation){
        if( $relation['tax'] == $queried_tax ){
            $post_type = $relation['post'];
            break;
        }

    }


        $args=array(
          'post_type' => 'post',
          $queried_tax => $queried_term,
          'post_status' => 'publish',
          'posts_per_page' => -1,
          'caller_get_posts'=> 1
        );

        $my_query = null;
        $my_query = new WP_Query($args);

<COLOCA AQUÍ TUS BUCLES>

        wp_reset_query();


}

Creo* que eso es todo. No podrás copiar-pegar ese código y que funcione automáticamente para ti, pero espero que te dé una idea de cómo hacer que funcione. Esto era tecnología de vanguardia en su momento, completado hace unos 6 meses y supongo que hay una implementación mejor en algún lado. Desafortunadamente, el sitio aún no está en vivo, así que no hay nada que mostrar en este momento.

También tuvimos que redirigir (htaccess) esos slugs para las taxonomías porque queríamos que quienes buscaran la tienda (tipo de contenido) y el archivo para las tiendas (taxonomía) aterrizaran en la misma página donde la 'página de perfil' de la tienda mostraba ambos.

Así que el resultado final es que la página de archivo para dominio.com/stores-bp/walmart redirigirá a dominio.com/stores/walmart.

¡Demasiado confuso! Puedo intentar aclarar donde sea necesario.