Script pentru rularea la finalizarea încărcării paginii
Pe pagina principală am 2 linii de cod JavaScript pe care aș dori să le rulez.
Unde ar trebui să pun aceste două linii de cod?
WordPress are o modalitate specifică de a face acest lucru? Sau ar trebui pur și simplu să aleg ultimul fișier .js care se încarcă și să le adaug acolo?

Depinde de ce anume face javascript-ul. Ce cod conține? Adaugă codul js în întrebarea ta.
Dacă este un script încărcat extern care nu face altceva decât să înregistreze încărcările de pagină - cum ar fi Google Analytics sau alte coduri de contorizare statistică - nu există niciun motiv să folosești wp_enqueue_script. Uneori poți să-l adaugi simplu în footer.php sau header.php
Dacă ai nevoie ca js să ruleze în mod specific când pagina s-a încărcat complet, atunci trebuie să-l înfășori într-o funcție jQuery numită .ready()
jQuery(document).ready(function($) {
// Codul care folosește $ ca de obicei va fi aici.
});
Vezi http://api.jquery.com/ready/
Și dacă codul este jQuery, poate fi necesar să-l înfășori într-un wrapper noConflict pentru a preveni conflictele cu alte js.
<script type="text/javascript">
$.noConflict();
jQuery(document).ready(function($) {
// Codul care folosește $ din jQuery poate fi aici.
});
// Codul care folosește $ din alte biblioteci poate fi aici.
</script>

da, WordPress are o funcție pentru încărcarea fișierelor javascript: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script
ultimul argument acceptă fie true fie false pentru încărcare în footer
