Скрипт для запуска после завершения загрузки страницы
На главной странице у меня есть 2 строки кода, которые я хотел бы выполнить на JavaScript.
Где лучше разместить эти две строки кода?
Есть ли в WordPress специальный способ сделать это? Или мне просто добавить код в последний загружаемый .js файл?

Зависит от того, что представляет собой JavaScript. Что это за код? Добавьте JS-код в ваш вопрос.
Если это внешне загружаемый скрипт, который только отслеживает загрузки страниц — например, Google Analytics или другой код счётчика статистики — нет необходимости использовать wp_enqueue_script. Иногда можно просто добавить его в footer.php или header.php.
Если вам нужно, чтобы JS выполнялся именно после полной загрузки страницы, то необходимо обернуть его в jQuery-функцию .ready()
.
jQuery(document).ready(function($) {
// Код, использующий $ как обычно, пишется здесь.
});
Смотрите http://api.jquery.com/ready/.
И если код использует jQuery, может потребоваться обернуть его в noConflict-обёртку, чтобы избежать конфликтов с другим JS.
<script type="text/javascript">
$.noConflict();
jQuery(document).ready(function($) {
// Здесь может идти код, использующий jQuery-объект $.
});
// Здесь может идти код, использующий $ из других библиотек.
</script>

да, в WordPress есть функция для загрузки javascript-файлов: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script
последний аргумент принимает true или false для загрузки в подвале (футере)
