Script da eseguire al completamento del caricamento della pagina
Nella home page ho 2 righe di codice che vorrei eseguire in JavaScript.
Dove dovrei inserire queste due righe di codice?
WordPress ha un modo specifico per farlo? O dovrei semplicemente scegliere l'ultimo file .js che viene caricato e aggiungerlo lì?

Dipende da quale javascript è. Di cosa si tratta? Aggiungi il codice js alla tua domanda.
Se è uno script caricato esternamente che non fa altro che tracciare i caricamenti delle pagine - come google analytics o altro codice di contatore statistico - non c'è motivo di usare wp_enqueue_script. A volte puoi semplicemente aggiungerlo a footer.php o header.php
Se hai bisogno che il js venga eseguito specificamente quando il caricamento della pagina è completato, allora devi racchiuderlo in una funzione jQuery chiamata .ready()
jQuery(document).ready(function($) {
// Il codice che utilizza $ come al solito va qui.
});
Vedi http://api.jquery.com/ready/
E se il codice è jQuery, potresti doverlo racchiudere in un wrapper noConflict per prevenire conflitti con altri js.
<script type="text/javascript">
$.noConflict();
jQuery(document).ready(function($) {
// Il codice che utilizza $ di jQuery può seguire qui.
});
// Il codice che utilizza $ di altre librerie può seguire qui.
</script>

sì, WordPress ha una funzione per caricare i file javascript: http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script
l'ultimo argomento accetta true o false per il caricamento nel footer
