Пользовательская таксономия и Tax_Query

Прежде всего, вы запускаете register_post_type на хуке init, а register_taxonomy на after_setup_theme, который вызывается после init. Это означает, что ваша пользовательская таксономия не будет доступна при регистрации типа записи. Я рекомендую убрать ключевое слово taxonomies из массива аргументов register_post_type и просто зарегистрировать таксономию вручную позже. В вашем примере кода похоже, что связь между типом записи и таксономией создаётся дважды.

Также я не уверен насчёт 'query_var' => true, в массиве аргументов register_taxonomy. Документация говорит, что можно установить значение false или строку, но не уточняет, что произойдёт при установке true. Надеюсь, WordPress достаточно умен, чтобы подставить что-то более полезное, но раз вы явно не указываете значение, отличное от имени таксономии, просто удалите этот параметр (это означает, что будет использоваться talktype).

Я добавил это в пустую тему, и всё работает корректно (то есть выводится SQL-запрос, включая мета-запрос). Фактическое выполнение запроса тоже работает без проблем:

functions.php

// Добавляем типы записей "Talk" и "Event"
function nc_custom_post_types() {
    register_post_type( 'talk',
        array(
            'labels' => array(
                'name' => __( 'Talks' ),
                'singular_name' => __( 'Talk' )
            ),
            'public' => true,
            'has_archive' => true,
        )
    );


    // Добавляем таксономию "talktype" для типа записи "talk"
    register_taxonomy('talktype', 'talk', array(
        'hierarchical' => true,
        // Этот массив управляет метками в админке WordPress
        'labels' => array(
            'name' => _x( 'Talk Types', 'taxonomy general name' ),
            'singular_name' => _x( 'Talk Type', 'taxonomy singular name' ),
            'search_items' =>  __( 'Search Talk Types' ),
            'all_items' => __( 'All Talk Types' ),
            'parent_item' => __( 'Parent Talk Type' ),
            'parent_item_colon' => __( 'Parent Talk Type:' ),
            'edit_item' => __( 'Edit Talk Type' ),
            'update_item' => __( 'Update Talk Type' ),
            'add_new_item' => __( 'Add New Talk Type' ),
            'new_item_name' => __( 'New Talk Type Name' ),
            'menu_name' => __( 'Talk Types' ),
        ),
        // Управление ЧПУ для таксономии
        'rewrite' => array(
            'slug' => 'talktype',
            'with_front' => false, // Не отображать базу категории перед "/locations/"
            'hierarchical' => true // Разрешить URL вида "/locations/boston/cambridge/"
        ),
    ));
}
add_action( 'init', 'nc_custom_post_types' );

/* Для тестирования
add_action('wp', 'test');
function test() {

    $nextSundayTalkArgs = array(
        'post_type' => 'talk',
        'posts_per_page' => 1,
        'tax_query' => array(
            array(
                'taxonomy' => 'talktype',
                'field' => 'slug',
                'terms' => 'sunday-talk'
            )
        )
    );
    $nextSundayTalkQuery = new WP_Query( $nextSundayTalkArgs );

    var_dump($nextSundayTalkQuery->request);
    die();
}
*/

function sunday_query_args() {

    $nextSundayTalkArgs = array(
        'post_type' => 'talk',
        'posts_per_page' => 1,
        'tax_query' => array(
            array(
                'taxonomy' => 'talktype',
                'field' => 'slug',
                'terms' => 'sunday-talk'
            )
        )
    );

    return $nextSundayTalkArgs;
}

index.php

<?php get_header(); ?>
<?php query_posts(sunday_query_args()); ?>
<div id="content">
    <?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>    
         <article id="post-<?php the_ID(); ?>" <?php post_class(); ?>>
            <h1 class="entry-title"><?php the_title(); ?></h1>
            <div class="entry-content">
                <?php the_content(); ?>
            </div>
        </article>
    <?php endwhile; ?>
</div>
<?php get_sidebar(); ?>
<?php get_footer(); ?>

РЕДАКТИРОВАНИЕ: Только что попробовал запустить ваш исходный код без изменений, и он тоже работает. Насколько я могу судить, часть 0 = 1 в SQL генерируется, когда либо таксономия, либо термин не найдены, что означает невозможность создания INNER JOIN. Убедитесь, что термин есть в вашей базе данных и что он отображается в интерфейсе редактирования вашего типа записи.

Я знаю, что вы уже проверяли содержимое базы данных, но если проблема сохраняется, попробуйте ещё раз локализовать её. Начните с чистой установки WordPress, добавьте только приведённый выше код, создайте запись типа talk и назначьте ей термин sunday-talk. У меня это работает. Также попробуйте выполнить SQL-запрос вручную — если он не сработает, это точно указывает на отсутствие связи между записью и термином. SQL-запрос должен выглядеть примерно так (не забудьте изменить значение wp_term_relationships.term_taxonomy_id):

SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS  wp_posts.ID FROM wp_posts  INNER JOIN wp_term_relationships ON (wp_posts.ID = wp_term_relationships.object_id) WHERE 1=1  AND ( wp_term_relationships.term_taxonomy_id IN (4) ) AND wp_posts.post_type = 'talk' AND (wp_posts.post_status = 'publish') GROUP BY wp_posts.ID ORDER BY wp_posts.post_date DESC LIMIT 0, 1