Cómo crear una estructura de enlaces permanentes con taxonomías personalizadas y tipos de contenido personalizados como nombre-base/taxonomia-padre/taxonomia-hijo/nombre-tipo-contenido

Después de combinar varias partes de otras respuestas, ¡logré que funcionara! Así que aquí está la solución para aquellos que también están luchando con esto:

Esta publicación y esta otra me ayudaron bastante, así que gracias a esos tipos.

Nota: todo este código, además de tu código inicial de registro de tipos de contenido personalizados y taxonomías, va en tu archivo functions.php.

Primero, configura correctamente los slugs al definir tus tipos de contenido personalizados y taxonomías: para el tipo de contenido personalizado debe ser nombrebase/%nombre_taxonomia% y el slug para tu taxonomía debe ser simplemente nombrebase. No olvides agregar también 'hierarchical' => true al array de rewrite de la taxonomía para obtener términos anidados en tu URL. También asegúrate de que query_var esté configurado como true en ambos casos.

Necesitas agregar una nueva regla de rewrite para que WordPress sepa cómo interpretar la estructura de tu URL. En mi caso, la parte del tipo de contenido personalizado de la URI siempre será el quinto segmento, así que definí mi regla de coincidencia en consecuencia. Ten en cuenta que es posible que debas cambiar esto si usas más o menos segmentos de URI. Si tendrás diferentes niveles de términos anidados, necesitarás escribir una función para verificar si el último segmento de la URI es un tipo de contenido personalizado o un término de taxonomía para saber qué regla agregar (pregúntame si necesitas ayuda con eso).

add_filter('rewrite_rules_array', 'mmp_rewrite_rules');
function mmp_rewrite_rules($rules) {
    $newRules  = array();
    $newRules['nombrebase/(.+)/(.+)/(.+)/(.+)/?$'] = 'index.php?nombre_tipo_contenido_personalizado=$matches[4]'; // mi estructura personalizada siempre tendrá el nombre del post como el quinto segmento de la URI
    $newRules['nombrebase/(.+)/?$']                = 'index.php?nombre_taxonomia=$matches[1]'; 

    return array_merge($newRules, $rules);
}

Luego necesitas agregar este código para que WordPress sepa cómo manejar %nombre_taxonomia% en la estructura del slug de rewrite de tu tipo de contenido personalizado:

function filter_post_type_link($link, $post)
{
    if ($post->post_type != 'nombre_tipo_contenido_personalizado')
        return $link;

    if ($cats = get_the_terms($post->ID, 'nombre_taxonomia'))
    {
        $link = str_replace('%nombre_taxonomia%', get_taxonomy_parents(array_pop($cats)->term_id, 'nombre_taxonomia', false, '/', true), $link); // ver función personalizada definida abajo
    }
    return $link;
}
add_filter('post_type_link', 'filter_post_type_link', 10, 2);

Creé una función personalizada basada en la propia get_category_parents de WordPress:

// mi propia función para hacer lo que get_category_parents hace para otras taxonomías
function get_taxonomy_parents($id, $taxonomy, $link = false, $separator = '/', $nicename = false, $visited = array()) {    
    $chain = '';   
    $parent = &get_term($id, $taxonomy);

    if (is_wp_error($parent)) {
        return $parent;
    }

    if ($nicename)    
        $name = $parent -> slug;        
else    
        $name = $parent -> name;

    if ($parent -> parent && ($parent -> parent != $parent -> term_id) && !in_array($parent -> parent, $visited)) {    
        $visited[] = $parent -> parent;    
        $chain .= get_taxonomy_parents($parent -> parent, $taxonomy, $link, $separator, $nicename, $visited);

    }

    if ($link) {
        // nada, no puedo hacer que esto funcione :(
    } else    
        $chain .= $name . $separator;    
    return $chain;    
}

Luego necesitas actualizar tus permalinks (simplemente carga la página de configuración de permalinks).

¡Ahora todo "debería" funcionar con suerte! Crea un montón de términos de taxonomía y anídalos correctamente, luego crea algunas publicaciones de tipo de contenido personalizado y categorízalas correctamente. También puedes crear una página con el slug nombrebase, y todo debería funcionar como especifiqué en mi pregunta. Quizás quieras crear algunas páginas de archivo de taxonomía personalizadas para controlar cómo se ven y agregar algún tipo de widget de taxonomía para mostrar tus categorías anidadas en la barra lateral.

¡Espero que esto te ayude!