¿Cómo puedo desactivar los enlaces de los elementos principales del menú?

No crees URLs falsas (#). Esto sería muy malo para usuarios con un lector de pantalla: ellos utilizan una lista de enlaces disponibles para navegar por tu sitio. Lo mismo aplica para enlaces javascript:, no son exactamente un marcado elegante de todas formas.

Necesitas dos pasos:

1. Marcar los elementos con hijos antes de que comience el walker.
2. Reemplazar el marcado para los elementos padre principales.

Usaré un elemento <a> vacío aquí para facilitar la obtención del cursor. Probablemente necesitarás algo como esto en tu hoja de estilos:

.menu > .has-children {
    cursor: pointer;
}

El filtro para marcar los elementos padre está tomado de esta respuesta. La segunda función simplemente verifica esa propiedad y comprueba si el elemento no es en sí mismo un elemento hijo.

add_filter( 'wp_nav_menu_objects',      't5_add_has_children_to_nav_items' );
add_filter( 'walker_nav_menu_start_el', 't5_unlink_parent_item', 10, 4 );

/**
 * Añade la propiedad 'has_children' a los elementos del menú
 *
 * @wp-hook wp_nav_menu_objects
 * @param   array $items
 * @return  array
 */
function t5_add_has_children_to_nav_items( $items )
{
    $parents = wp_list_pluck( $items, 'menu_item_parent' );
    $out     = array ();

    foreach ( $items as $item )
    {
        in_array( $item->ID, $parents ) && $item->has_children = TRUE;
        $out[] = $item;
    }
    return $items;
}
/**
 * Reemplaza el marcado del elemento padre principal.
 *
 * @wp-hook walker_nav_menu_start_el
 * @param   string $item_output
 * @param   object $item
 * @param   int    $depth
 * @param   object $args
 * @return  string
 */
function t5_unlink_parent_item( $item_output, $item, $depth, $args )
{
    // no es un elemento padre de primer nivel
    if ( empty ( $item->has_children ) or 0 != $item->menu_item_parent )
        return $item_output;

    $title = apply_filters(
        'the_title',
        $item->title,
        $item->ID
    );
    $id = apply_filters(
        'nav_menu_item_id',
        'menu-item-'. $item->ID,
        $item, $args
    );
    $id = $id ? ' id="' . esc_attr( $id ) . '"' : '';

    $classes = empty( $item->classes ) ? array() : (array) $item->classes;
    $classes[] = 'menu-item-' . $item->ID;
    $classes[] = 'has-children';
    $class_names = join(
        ' ',
        apply_filters(
            'nav_menu_css_class',
            array_filter( $classes ),
            $item,
            $args
        )
    );
    $class_names = $class_names
        ? ' class="' . esc_attr( $class_names ) . '"'
        : '';

    return "<li$id>$args->before<a class='menu-item has-children'>$title</a>$args->after";
}

Simplemente crearía elementos de menú personalizados con un javascript:void(0) como href cuando se necesite un elemento padre.

Funciona con WordPress 3.5:

1. Añade una entrada de Enlace con el nombre que desees y una URL con #
2. Edita la entrada del menú que acabas de crear y elimina el #

Debes realizar ambos pasos, ya que no puedes añadir una entrada de menú con una URL vacía.

Un poco tarde pero para uso futuro. Puedes crear un enlace personalizado para el elemento padre. Cuando lo agregas, debes incluir un #, pero una vez añadido puedes eliminarlo lo cual deshabilita el enlace.

Para eliminar el cursor activo "hover":

Opciones del Tema > Menú desplegable > Hacer que los elementos principales del menú sean clicables : desactivar