Eliminar el slug de tipos de contenido personalizados de la URL

Así es como puedes hacer la primera parte del trabajo - eliminar el slug del CPT en el enlace del post (por ejemplo, para el tipo de entrada 'news').

function df_custom_post_type_link( $post_link, $id = 0 ) {  

    $post = get_post($id);  

    if ( is_wp_error($post) || 'news' != $post->post_type || empty($post->post_name) )  
        return $post_link;  

    return home_url(user_trailingslashit( "$post->post_name" ));  
}
add_filter( 'post_type_link', 'df_custom_post_type_link' , 10, 2 );

Ahora deberías añadir reglas de reescritura para 'news', porque obtendrás un error 404.

Añade la regla de reescritura así:

function df_custom_rewrite_rule() {
    add_rewrite_rule('(.*?)$', 'index.php?news=$matches[1]', 'top');
}
add_action('init', 'df_custom_rewrite_rule');

Luego necesitaremos limpiar las reglas de reescritura, así que ve a Ajustes - Enlaces permanentes y guarda los cambios.

Puedes probar este plugin (http://wordpress.org/extend/plugins/remove-slug-from-custom-post-type/) para eliminar el slug, pero solo funcionará si la estructura de permalinks es "/%postname%/".

function register_cpt_type() {
    register_post_type('cpt', array(
        'rewrite' => array("slug" => "/cpt", "with_front" => false),
    ));
}
add_action('init', 'register_cpt_type')

function cpt_rewrite_rule() {
    add_rewrite_rule('(.*?)$', 'index.php?cpt=$matches[1]', 'top');
}
add_action('after_theme_setup', 'cpt_rewrite_rule');

vaciar/reciclar las reescrituras de URL, luego editar el archivo .htaccess

RewriteRule ^cpt/(.+)$ /$1 [R=301,L]

Siempre puedes engancharte a "parse_request" para realizar una verificación y ver si existe un tipo personalizado con el nombre solicitado, y luego modificar los query_vars apropiadamente. Necesitarás algo similar a la respuesta de @Bartosz para generar el enlace permanente además:

 add_filter('parse_request', "t21_parse_request" , 1, 1);

 function t21_parse_request($wpobj)
 {
      $query_vars = $wpobj->query_vars;
      $slug = $query_vars['pagename'];

      $posts = get_posts(array(
           "post_type" => "event",
           "post_name" => $slug
      ));

      if($posts)
      {
           //sabemos que existe tu entrada de "evento" así que ahora modificamos los query_vars
           //primero eliminamos 'page' y 'pagename'
           unset($query_vars['page']);
           unset($query_vars['pagename']);

           //ahora reconstruimos los query_vars
           $query_vars['post_type'] = "event"; //nombre del CPT
           $query_vars['name'] = $slug;
           $query_vars['event'] = $slug; //de nuevo - esto construye la cadena de consulta "event=myevent"
      }
      else
      {
           //simplemente retornamos $wpobj ya que sabemos que no hay un "evento"
           return $wpobj;
      }
 }

Esto asume sin embargo que no tendrás nombres de publicaciones con el mismo nombre que un postname, de lo contrario, la publicación nunca aparecerá ya que coincidirá primero con un tipo de evento.