Cómo habilitar enlaces permanentes jerárquicos para taxonomías jerárquicas

¿Hay alguna forma de agregar un parámetro a una taxonomía personalizada ya registrada? Todas mis taxonomías fueron creadas con un plugin, así que sería genial si pudiera agregar algo a functions.php que simplemente añada 'rewrite' => array( 'hierarchical' => true ) a esas taxonomías.

Deberías poder usar register_taxonomy para volver a registrar la taxonomía que deseas modificar.

http://core.trac.wordpress.org/browser/tags/3.4.2/wp-includes/taxonomy.php#L305

ADVERTENCIA: ¡Código no probado!
(Solo de memoria, principalmente. No me hago responsable por sitios rotos.):

function reregister_taxonomy() {
    # los tipos de post a los que está registrada la taxonomía
    $post_types = array('post');
    # establece esto al nombre de la taxonomía
    $tax_name = 'TAXONOMY_NAME_TO_CHANGE';
    # carga la taxonomía ya creada como array para poder
    # pasarla de nuevo como $args a register_taxonomy
    $tax = (array)get_taxonomy($tax_name);

    if ($tax) {
        # ajusta las necesidades jerárquicas
        $tax['hierarchical'] = true;
        $tax['rewrite']['hierarchical'] = true;

        # ajusta las mejoras jerárquicas (estas podrían ignorarse)
        $tax['labels']['parent_item'] = sprintf(__("Parent %s"),
            $tax->labels->singular_name);
        $tax['labels']['parent_item_colon'] = sprintf(__("Parent %s:"),
            $tax->labels->singular_name);

        # convierte capacidades a array como lo espera register_taxonomy
        $tax['capabilities'] = (array)$tax['cap'];
        # convierte etiquetas a array
        $tax['labels'] = (array)$tax['labels'];
        # registra la taxonomía con nuestras nuevas configuraciones
        register_taxonomy($tax_name, array('post'), $tax);
    }
}
# acción init con una prioridad tardía para que otras taxonomías se carguen
# alternativamente podría hacerse con el hook de acción `registered_taxonomy`
add_action('init', 'reregister_taxonomy', 9999);

Solo después de escribir esto me di cuenta de que esta pregunta tenía un año y medio de antigüedad, quizás alguien lo encuentre útil de todos modos.

Para que los enlaces permanentes jerárquicos funcionen, necesitas agregar reglas de reescritura. He logrado armar un código que hace que un tipo de entrada personalizado con una taxonomía personalizada funcione con términos padre/hijo reflejados en los enlaces permanentes. ¡No es perfecto, pero funciona!

function keha_add_rewrite_rules() {
        // Regla para estructura jerárquica: posttype_slug/taxonomia_padre/taxonomia_hija/entrada
        add_rewrite_rule( '^posttype_slug/(.+?)/(.+?)/(.+?)$', 'index.php?taxonomy=$matches[1]&taxonomy=$matches[2]&posttype=$matches[3]', 'top' );
        // Regla para estructura: posttype_slug/taxonomia/entrada/
        add_rewrite_rule( '^posttype_slug/(.+?)/(.+?)/$', 'index.php?posttype=$matches[2]', 'top' );
        // Regla alternativa para estructura jerárquica
        add_rewrite_rule( '^posttype_slug/(.+?)/(.+?)/(.+?)$', 'index.php?posttype=$matches[3]', 'top' );
        // Regla para taxonomías: posttype_slug/taxonomia/
        add_rewrite_rule( '^posttype_slug/(.+?)/(.+?)/?$', 'index.php?taxonomy=$matches[2]', 'top' );
        // Regla básica para taxonomía individual
        add_rewrite_rule( '^posttype_slug/(.+?)$', 'index.php?taxonomy=$matches[1]', 'top' );
}
// Ejecutar la función durante la inicialización de WordPress
add_action('init', 'keha_add_rewrite_rules');

Puedes ver mi ejemplo funcional en Github:

https://github.com/keha76/WordPress-CPT-Hierarchical-Taxonomy-Permalinks

Gracias a @anubhava

Un pequeño estudio sobre la API de Rewrite de WP encontró la solución.

1) He creado una URL de rewrite personalizada y la he colocado en mi archivo functions.php

function services_rewrite_basic() {
  add_rewrite_rule('^services/.*', 'index.php?page_id=110&level=$matches[1]&level=$matches[1]&level=$matches[1]', 'top');
}
add_action('init', 'services_rewrite_basic');

2) Y finalmente solo guardé la página de enlaces permanentes sin ningún cambio y eso hizo el truco.