¿Hay una manera rápida de ocultar una categoría de todas partes?

pre_get_posts es el hook adecuado para esto

Como acabo de hacer una exclusión de categoría en otra respuesta, también la publicaré aquí. Excluir la categoría del bucle de WordPress

Basado en el ejemplo del codex:

http://codex.wordpress.org/Custom_Queries#Category_Exclusion

add_action('pre_get_posts', 'wpa_31553' );

function wpa_31553( $wp_query ) {

    // $wp_query se pasa por referencia. No necesitamos devolver nada. Cualquier cambio hecho dentro de esta función afectará automáticamente a la variable global

    $excluded = array(272);  // Lo convertí en un array en caso de que necesites excluir más de una categoría

    // Solo excluir en el front-end
    if( !is_admin() ) {
        $wp_query->set('category__not_in', $excluded);
    }
}

Hay un plugin para eso :-)

http://wordpress.org/extend/plugins/hide-categories/

¿Puedes probar esto? Añade en tu functions.php:

add_action('pre_get_posts', 'block_category' );
function block_category() {
global $wp_query;   
$wp_query->query_vars['cat'] = '-1';
}

Reemplaza el -1 con el ID de tu categoría

¿Puedes intentarlo de nuevo con una etiqueta condicional?

function exclude_category($query) {
if ( $query->is_home ) {
    $query->set('cat', '-xx');
}
return $query;
}

xx es tu categoría