Come posso elencare tutte le categorie sotto un Custom Post Type (tassonomia)?

Se vuoi semplicemente elencarli puoi usare la funzione get_terms:

$terms = get_terms( 'my_taxonomy' );
if ( ! empty( $terms ) && ! is_wp_error( $terms ) ){
 echo '<ul>';
 foreach ( $terms as $term ) {
   echo '<li>' . $term->name . '</li>';

 }
 echo '</ul>';
}

Leggi il codex, contiene molti esempi: https://codex.wordpress.org/Function_Reference/get_terms

No, dovrei fare una domanda a parte...

MODIFICA: Ho capito cosa volevo chiedere, ma se qualcuno dovesse imbattersi in questa domanda originale, ecco cosa si può fare per creare semplicemente dei link alle categorie dopo che sono state elencate:

<?php
$terms = get_terms( 'nameofyourregisteredtaxonomygoeshere' );
$count = count( $terms );
if ( $count > 0 ) {
echo '<h3>Progetti totali: '. $count . '</h3>';
echo '<ul>';
foreach ( $terms as $term ) {
    echo '<li>';
    echo '<a href="' . esc_url( get_term_link( $term ) ) . '" alt="'. esc_attr( sprintf( __( 'Visualizza tutti gli articoli nella categoria %s', 'my_localization_domain' ), $term->name ) ) . '">' . $term->name . '</a>';
    echo '</li>';


}
echo '</ul>';
}
?>