Devo selezionare solo l'ultima categoria figlia dei prodotti?
Quando seleziono una categoria di prodotto, non sono sicuro se devo spuntare anche le checkbox delle categorie genitore.
Se seleziono anche le categorie genitore, nella pagina categoria sotto ogni prodotto viene visualizzata la categoria principale invece della categoria figlia più specifica.

Devi selezionare la categoria in cui vuoi mostrare il prodotto. Se selezioni una categoria genitore, il prodotto verrà visualizzato nella pagina del genitore. Se invece selezioni una categoria figlio, il prodotto sarà visibile solo nelle pagine figlie dello shop.
Quello che devi fare qui è selezionare sia la categoria genitore che quella figlio, così il prodotto verrà mostrato nella pagina del genitore con il conteggio del numero di prodotti e anche nella pagina figlia dello shop.

Ma se imposto lo stile di visualizzazione della pagina della categoria su "Entrambi" (Sottocategorie e Prodotti), vedo già i prodotti delle sottocategorie (senza dover specificamente impostare che questi prodotti abbiano anche la categoria genitore). Esempio: Abbiamo la categoria A con la sottocategoria A1. Il prodotto P è in A1 (solo in questa categoria, la checkbox per A non è selezionata). Ora quando apro la pagina della categoria A, vedo A1 E P.

stai usando la paginazione o lo scroll infinito sulla categoria principale?
