Ottenere l'ID della categoria da un ID post di un custom post type

wp_get_post_categories può ottenere solo le categorie dei POST, non le categorie di un custom post, prova invece questo:

$category = get_the_terms( $post->ID, 'custom-taxonomy-here' );     
foreach ( $category as $cat){
   echo $cat->name;
}

Controlla questo link

Il tuo custom post type supporta la tassonomia standard delle categorie? Se la categoria utilizzata nel tuo custom post type è una tassonomia personalizzata e non la tassonomia standard delle categorie, dovresti usare get_the_terms() invece di get_the_category().

$categories = get_the_terms($post->ID, "my-custom-taxonomy");

questa soluzione funziona per me:

    global $wpdb;

    // ottieni tutti gli ID delle categorie basati sull'ID del post
    $result = $wpdb->get_results( " select term_taxonomy_id from " . $wpdb->prefix . "term_relationships where object_id = '" . $post_id . "' " );
    $cats_ids_array = [];
    foreach ( $result as $c ) {
        $cats_ids_array[] = $c->term_taxonomy_id;
    }