Probleme cu subdirectoarele în .htaccess pe Wordpress

Am avut unele probleme cu instalarea mea de Wordpress care nu-mi permite accesul la subdirectoare, în special o instalare CodeIgniter la mydomain.com/codeigniter. Știu că tehnic ar trebui să funcționeze fără probleme și să recunoască folderele pe măsură ce sunt create. Totuși, acest lucru nu se întâmplă. Bănuiesc că are legătură cu un plugin, dar am încercat să le dezactivez pe toate și problema persistă (mă redirecționează către pagina 404 din Wordpress).

Am găsit o soluție temporară. Dacă creez un subdomeniu, ceva se schimbă și totul funcționează cum ar trebui, accesând folderul atât prin calea directă, cât și prin numele subdomeniului.

Vă rog ajutați-mă? Am încercat tot felul de modificări în fișierele .htaccess din ambele directoare, dar schimbările nu au niciun efect.

Actualizare: Iată fișierul .htaccess al Wordpress din folderul root:

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

# ÎNCEPUT WordPress

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/?codeigniter/
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# SFÂRȘIT WordPress

Și fișierul .htaccess al CodeIgniter din subdirectorul /codeigniter/.

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /codeigniter
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
</IfModule>