Problema con le sottodirectory in .htaccess di Wordpress

Sto avendo problemi con la mia installazione di Wordpress che non mi permette di accedere alle sottodirectory, in particolare a un'installazione di CodeIgniter su mydomain.com/codeigniter. So che tecnicamente dovrebbe funzionare senza problemi e riconoscere le cartelle così come vengono create. Tuttavia, questo non sta accadendo. Sospetto che abbia a che fare con un plugin, ma ho provato a disabilitarli tutti e il problema persiste (mi reindirizza alla pagina 404 di Wordpress).

Nel frattempo ho trovato una soluzione alternativa. Se creo un sottodominio, qualcosa cambia e tutto funziona come dovrebbe, accedendo alla cartella sia tramite il percorso diretto che tramite il nome del sottodominio.

Qualche aiuto? Ho provato diverse modifiche ai file .htaccess in entrambe le directory, ma cambiarli non produce alcun effetto.

Aggiornamento: Ecco il file .htaccess di Wordpress nella cartella root:

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

# INIZIO WordPress

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/?codeigniter/
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# FINE WordPress

E il file .htaccess di CodeIgniter nella sottodirectory /codeigniter/.

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /codeigniter
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
</IfModule>