Problema con subdirectorios en .htaccess de Wordpress

He tenido algunos problemas con mi instalación de Wordpress que no me permite acceder a subdirectorios, específicamente una instalación de CodeIgniter en mydomain.com/codeigniter. Sé que técnicamente debería funcionar bien tal cual está y reconocer las carpetas según se crean. Sin embargo, esto no está ocurriendo. Sospecho que tiene algo que ver con un plugin, pero he intentado desactivarlos todos y el problema persiste (me redirige a la página 404 de Wordpress).

Mientras tanto, he encontrado una solución temporal. Si creo un subdominio, algo cambia y todo funciona como debería, accediendo a la carpeta tanto mediante la ruta directa como a través del nombre del subdominio.

¿Alguna ayuda? He probado todo tipo de cosas con mis archivos .htaccess en ambos directorios, pero cambiarlos no hace nada.

Actualización: Aquí está el .htaccess de Wordpress en la carpeta raíz:

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

# INICIO WordPress

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/?codeigniter/
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# FIN WordPress

Y el archivo .htaccess de CodeIgniter en el subdirectorio /codeigniter/:

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /codeigniter
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
</IfModule>