Проблема с поддиректорией в Wordpress .htaccess

У меня возникли проблемы с доступом к поддиректориям в моей установке Wordpress, в частности к установке CodeIgniter по адресу mydomain.com/codeigniter. Технически это должно работать без проблем и распознавать папки по мере их создания. Однако этого не происходит. Я подозреваю, что проблема связана с плагином, но после их отключения проблема сохраняется (перенаправляет на страницу 404 Wordpress).

Временно я нашел решение. Если создать субдомен, что-то меняется, и все начинает работать как должно, обеспечивая доступ к папке как через прямой путь, так и через имя субдомена.

Есть идеи? Я перепробовал разные варианты с файлами .htaccess в обеих директориях, но их изменение не дает эффекта.

Обновление: Вот .htaccess Wordpress в корневой папке:

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

# НАЧАЛО WordPress

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/?codeigniter/
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# КОНЕЦ WordPress

И файл .htaccess CodeIgniter в поддиректории /codeigniter/.

DirectoryIndex index.php index.htm index.html
AddHandler application/x-httpd-php52 .php .php5 .php4 .php

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /codeigniter
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L,QSA]
</IfModule>