Enable featured image but not have it show up?

TwentyEleven incluye la imagen destacada desde header.php, en lugar de una parte de plantilla como la mayoría de los temas. Si comentas la línea 92 eso debería eliminarla, por ejemplo:

<?php
    // La imagen de cabecera
    // Verifica si es una entrada o página, si tiene imagen destacada y si es una imagen grande
    if ( is_singular() &&
            has_post_thumbnail( $post->ID ) &&
            ( /* $src, $width, $height */ $image = wp_get_attachment_image_src( get_post_thumbnail_id( $post->ID ), array( HEADER_IMAGE_WIDTH, HEADER_IMAGE_WIDTH ) ) ) &&
            $image[1] >= HEADER_IMAGE_WIDTH ) :
        // ¡Houston, tenemos una nueva imagen de cabecera!
        // echo get_the_post_thumbnail( $post->ID, 'post-thumbnail' );
    else : ?>
    <img src="<?php header_image(); ?>" width="<?php echo HEADER_IMAGE_WIDTH; ?>" height="<?php echo HEADER_IMAGE_HEIGHT; ?>" alt="Imagen de cabecera por defecto" title="Imagen de cabecera del tema" />
<?php endif; // fin de verificación para imagen destacada o cabecera estándar ?>

Sin embargo, sería mejor crear un tema hijo y colocar tu versión modificada de header.php dentro de él.

Después de algún tiempo buscando a ciegas, parece que encontré cómo solucionarlo. No era culpa del tema.

Simplemente lo solucioné yendo a /wp-content/plugins/wordpress-ecommerce/marketpress.php

Fui a la función product_theme($content)

y comenté la línea 1411:

//añadir miniatura
//$content = mp_product_image( false, 'single' ) . $content;

¡Tachán!