Forma Correcta de Modificar un Plugin

La forma "correcta" obviamente depende del plugin. Algunos plugins son más fáciles de editar que otros, pero la mayoría de los plugins pueden ser modificados por otros plugins.

Por ejemplo, si un plugin tiene una función enganchada a WordPress con una acción, entonces es sencillo para ti crear otro plugin que quite esa función con remove_action, y luego añada tu función de reemplazo. Este tipo de método te permitirá reemplazar funciones individuales en plugins con tus propias versiones modificadas, sin modificar el plugin original.

El mismo concepto funciona con los filtros, obviamente.

La mejor manera sería simplemente clonarlo y cambiar el Nombre del Plugin en la cabecera y cambiar el nombre del directorio. De esta forma también podrías tener el original instalado pero no activado, por lo que seguirás recibiendo alertas cuando se publiquen actualizaciones.

<?php
/*
Plugin Name: Nombre Del Plugin
Plugin URI: http://URI_De_La_Pagina_Que_Describe_El_Plugin_Y_Actualizaciones
Description: Una breve descripción del Plugin.
Version: El Número de Versión del Plugin, ej: 1.0
Author: Nombre Del Autor Del Plugin
Author URI: http://URI_Del_Autor_Del_Plugin
License: Un "Slug" con el nombre de la licencia ej. GPL2
*/
?>

Esto es relativamente fácil si el plugin está bajo control de código fuente con Git debido a la naturaleza distribuida de Git, pero muchos plugins de WordPress (y todos los del repositorio oficial) están en Subversion. Yo uso ramas de proveedor y svn_load_dirs.php si realmente necesito modificar un plugin, pero esto requiere un nivel de comodidad razonablemente alto con Subversion.

Si el plugin no expone ningún repositorio, recomendaría convertirlo tú mismo en un repositorio Git y aplicar manualmente las nuevas versiones.

Al final, los sistemas de control de versiones son la única forma sensata de volver a aplicar cambios a nuevas versiones del código fuente original.

Estoy de acuerdo con la respuesta de Annika Backstrom, pero me gustaría compartir mi solución preferida.

Dado que la mayoría de los plugins están bajo svn, utilizo una herramienta llamada git-svn para crear un espejo en git.

Luego, simplemente creo una rama y confirmo mis cambios allí.

Cuando el plugin se actualiza en el repositorio principal, simplemente hago pull desde el repositorio svn y fusiono los cambios en mi rama personalizada.

Como no se ha mencionado, puedes reemplazar cualquier función que sea "pluggable". Las funciones pluggable tienen este formato:

if (! function_exists('function_name')) {
    function function_name() {
         //...
    }
}

Entonces puedes simplemente redefinir la función tú mismo (en functions.php, Code Snippets o tu propio plugin).

Desafortunadamente, la mayoría de plugins no hacen que sus funciones sean pluggable; o en el mejor de los casos, solo algunas de sus funciones son pluggable.