Versionado de @import del style.css del tema padre

No es necesario usar @import. De hecho, es mejor no hacerlo. Utilizar el enfoque de encolado probablemente sea mejor en todos los aspectos.

Aquí está la parte relevante del código de twentythirteen:

function twentythirteen_scripts_styles() {
...
    // Carga nuestra hoja de estilos principal.
    wp_enqueue_style( 'twentythirteen-style', get_stylesheet_uri(), array(), '2013-07-18' );
...
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'twentythirteen_scripts_styles' );

Esto es lo que debes hacer en tu código:

function child_scripts_styles() {
    wp_enqueue_style( 'child-style', get_stylesheet_directory_uri().'/css/main.css', array('twentythirteen-style'), 'TU_VERSION_DEL_TEMA' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'child_scripts_styles' );

Si tu main.css debe cargarse después del style.css del tema padre, simplemente lo haces dependiente de él.

Ahora, si también tienes un B.css en el tema hijo, configuras las dependencias acordemente:

function child_scripts_styles() {
    wp_enqueue_style( 'child-B-style', get_stylesheet_directory_uri().'/B.css', array('twentythirteen-style'), 'TU_VERSION_DEL_TEMA' );
    wp_enqueue_style( 'child-style', get_stylesheet_directory_uri().'/css/main.css', array('child-B-style'), 'TU_VERSION_DEL_TEMA' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'child_scripts_styles' );

Define las dependencias para cada elemento que realmente reflejen cuáles son esas dependencias. Si main.css debe ir después de B.css, entonces depende de él. Si B.css debe ir después del style.css del tema padre, entonces B depende de él. El sistema de encolado lo resolverá por ti.

Y si en realidad no estás usando el style.css del tema hijo para nada, entonces no necesitas encolarlo en absoluto. Puede ser solo un marcador de posición para guardar la información del encabezado de tu tema. ¿No lo usas? No lo cargues.

Además, ¿qué es exactamente lo que estás haciendo que depende tanto del orden aquí? A CSS no le importa el orden de carga en la mayoría de las situaciones. CSS depende más de la especificidad de los selectores. Si quieres sobrescribir algo, haces que tu selector sea más específico. Puede ir primero, o último, o en cualquier lugar intermedio, el selector más específico siempre gana.

Edición

Leyendo tus comentarios y mirando más de cerca el código, veo dónde está el error aquí. El código de twenty-thirteen está encolando "get_stylesheet_uri()", que en el caso de un tema hijo sería el archivo style.css de tu tema hijo, no el del tema padre. Por eso el @import funciona, y mantiene el mismo orden (que nuevamente, no importa tanto como crees).

En ese caso, si no quieres usar import, recomendaría encolar directamente el style.css del tema padre. Así:

function child_scripts_styles() {
    wp_enqueue_style( 'parent-style', get_template_directory_uri().'/style.css', array() );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'child_scripts_styles' );

El código en el functions.php del tema hijo se ejecuta primero, así que tu propio wp_enqueue_scripts correrá primero, y esto encolará el style.css del tema padre, lo cual el tema padre no está haciendo por sí mismo (porque en realidad está encolando el style.css de tu tema hijo). Al no hacerlo dependiente de nada, igual que el tema padre, simplemente se coloca en la salida correctamente. Nota que el orden de este archivo y el genericons.css no importa, porque el "twentythirteen-style" original no tiene a genericons.css como una dependencia listada.

Tu propio style.css del tema hijo se cargará, y honestamente, aquí es donde deberías poner los cambios para tu tema hijo, no en un main.css separado. No hay nada que te impida poner tus cambios ahí, pero no hay una razón real para tener un archivo css extra.

advertencia

¡Esta solución no respeta las dependencias del tema padre! Cambiar el nombre del handle del tema padre afecta la cadena de dependencias establecida en el tema padre. Consulta mi respuesta mucho más simple.

respuesta original

Aunque la respuesta de Otto es bastante buena, terminé usando esto en el functions.php de mi tema hijo:

function my_theme_styles() {
    global $wp_styles;
    $parentOriginalHandle = 'twentythirteen-style';
    $parentNewHandle = 'parent-style';

    // Desregistramos nuestro style.css que fue encolado por el tema padre; queremos
    // controlar la versión nosotros mismos.
    $parentStyleVersion = $wp_styles->registered[$parentOriginalHandle]->ver;
    $parentDeps = $wp_styles->registered[$parentOriginalHandle]->deps;
    wp_deregister_style($parentOriginalHandle);

    // Encolamos el style.css del tema padre con la versión que usaba en lugar
    // de importarlo con @import en el style.css del tema hijo
    wp_register_style($parentNewHandle, get_template_directory_uri() . '/style.css',
        $parentDeps, $parentStyleVersion);

    // Encolamos nuestro style.css con nuestra propia versión
    $themeVersion = wp_get_theme()->get('Version');
    wp_enqueue_style($parentOriginalHandle, get_stylesheet_directory_uri() . '/style.css',
        [$parentNewHandle], $themeVersion);
}

// Ejecutamos esta acción después de que el tema padre haya encolado sus estilos.
add_action('wp_enqueue_scripts', 'my_theme_styles', 20);

Mantiene el orden y los números de versión del style.css del tema padre mientras controla la versión del style.css del tema hijo.